但是在基因转录的过程中,并非需要完全解开 DNA 链的全部结构,而是只需部分解开,即表达基因的区域。这一步骤主要依赖于染色体组蛋白的修饰,尤其是乙酰化。被打开的染色质称为开放染色质(open chromatin)。一旦染色质打开,调控蛋白(例如转录因子)就有机会结合其中。染色质的可及性是指染色质打开的特性,主要由染色体组...
主页> 问答中心> 单细胞分析FAQ汇总> ATAC-Seq的步骤? ATAC测序大致分为两个部分,即细胞制备和转座。细胞制备:第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要,因此对细胞进行计数非常重要。此外,细胞应完好无损,并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后,用非离子型去污...
ATAC-seq文库的构建包括细胞核制备、转位和扩增三个步骤。首先,将待检查的组织或细胞悬置为完整的、均匀的单细胞,随后在裂解缓冲液中培养产生粗核(图3A)。其次,悬浮的细胞核在转位反应混合物中孵育,产生DNA片段(图3B)。最后,将转置的DNA进行扩增,生成测序文库(图3C)。转座酶与样品染色质的反应是ATAC实验的关键步...
ATAC-seq的文库结构由以下步骤组成: 1.染色质处理:首先,研究人员需要获取细胞样品,并对染色质进行适当处理。这可能包括裂解细胞膜、去除核膜以及处理染色质以解聚核蛋白复合物。 2.转座子反应:随后,研究人员将感兴趣的细胞核裂解产物与转座酶复合物(通常是Tn5转座酶)和DNA适配器一起反应。转座酶会选择性地将适配器...
这两个质控步骤可以先做第一个,第二个TSS富集峰图需要在peak calling和转换文件格式为.bw之后,使用Deeptools工具作图。 Reads Shifting 质控后还有一个步骤是进行reads shifting,前面说过Tn5酶切过程中会在上下游产生一个缺口,因此需要将正链正向移动4bp,负链负向移动5bp。
总体分析步骤见下图,主要包含三大部分。第一是数据前期处理,包含质控以及比对等;第二是各种相关的分析,其中最核心的是 Peak calling 也即分析有哪些区域是开放染色质的;第三是与其他技术数据的联合分析。 流程图 下面简单介绍一些步骤的分析内容,抑或是分析要求注意事项等。
下面,我们简要概述了ATAC-Seq实验步骤,该步骤可分为两个主要部分:细胞制备和转座。 细胞制备 第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要,因此对细胞进行计数非常重要。此外,细胞应完好无损,并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后,用非离子型去污剂裂解细胞以产生纯...
鉴定DHSs的传统方法主要是末端标记的Southern Blotting, 包含多个费时费力的步骤。二代测序技术的出现,使得在全基因组上高效地,特异的鉴定DHSs成为可能。目前,DNase已经成为检测染色质可及性的“金标准”[4]。在ENCODE联盟中,DNase广泛的应...
步骤一:细胞悬液制备: 制备含有2×106~5×106个细胞的细胞沉淀,将细胞沉淀在4℃下匀浆500g中离心10min后得到混合物m,将混合物m用预冷的pbs缓冲液洗涤后得到混合物a;pbs缓冲液包括:200mmnacl,3mmkcl,1mmmgcl2,1mmcacl2,10mmna2hpo4,2mmkh2po4,0.1wt%吐温-20,pbs缓冲液的ph值为7.4; ...