ATAC-seq工作流程有五个主要步骤：样品制备、转座、文库制备、测序和数据分析。大致如下：(PMID: 35478247...
主页> 问答中心> 单细胞分析FAQ汇总> ATAC-Seq的步骤? ATAC测序大致分为两个部分,即细胞制备和转座。细胞制备:第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要,因此对细胞进行计数非常重要。此外,细胞应完好无损,并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后,用非离子型去污...
ATAC-Seq服务涵盖实验中的所有步骤,包括膜通透,添加带有接头的转座酶,在开放基因组位置通过转座酶插入接头,文库扩增,Illumina平台上的NGS以及生物信息学分析。我们对标准ATAC-Seq实验进行了优化,以确保我们将为您生成最优质的数据。我们接受培养的细胞系,原代细胞或冷冻组织样品,建议提交100,000个细胞或20-50 mg冷冻组...
原理与步骤 1、准备细胞(计数、裂解) 2、转座反应与纯化 3、PCR扩增 4、qPCR(构建体系、运行、计算CT值) 5、文库质量控制:凝胶电泳(凝胶电泳的替代方法:生物分析仪) 四、与ChIP-Seq的不同 ChIP-Seq原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后...
实施例2:本实施例具体说明了应用于组织样本中染色体开放结合区域定位的atac-seq方法的步骤,包括以下步骤: 步骤一:细胞悬液制备: 制备含有2×106～5×106个细胞的细胞沉淀,将细胞沉淀进行以下处理3次:4℃、500g离心10min,去除上层清液,用预冷的pbs缓冲液洗涤;pbs缓冲液包括:200mmnacl,3mmkcl,1mmmgcl2,1mmcacl2,10m...
ATAC-Seq 使用转座酶(通常是Tn5转座酶)在活细胞中的开放染色质区域插入测序适配体。这种开放的染色质通常指的是没有紧密包装成核小体的DNA区域,这样的区域往往与基因调控元件(如启动子和增强子)相关联。转座酶插入后,可利用PCR扩增插入位点附近的DNA,然后进行高通量测序。通过测序数据分析,可以确定细胞中的开放染色质...
atac seq数据分析一问就够下 stata数据分析 提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验...
seq测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:s1:进行研磨组织,制备细胞悬液并提取细胞核的步骤;s2:进行转座及纯化的步骤;s3:进行pcr富集,并构建文库及片段筛选的步骤;s4:进行文库质检的步骤。2.根据权利要求1所述的微量冷冻组织atac ‑ seq测序文库的构建方法,其特征在于,s1:进行研磨组织,制备细胞悬液并提取...
ATAC-seq 特定选项: -j: 使用 ATAC-seq 模式(默认为关闭)。 -d <int>: 将切割位点扩展到<int>bp(默认为 100)。 -D: 跳过 Tn5 切割位点的调整(默认为关闭)。 峰值调用选项: -p <float>: 最大 p 值阈值(默认为 0.01)。 -q <float>: 最大 q 值阈值(FDR-adjusted p-value; 默认为 1)。
具体步骤如下: 1.对ATAC-seq数据进行预处理和质量控制,提取出高质量的测序数据。 2.利用生物信息学软件将测序数据转化为区域水平的染色质可及性信息。 3.通过比较不同细胞间的染色质可及性信息,找出差异显著的区域。 4.结合公共数据库中的转录因子足迹数据,分析共定位的转录因子。 四、结果与讨论 通过对ATAC-...