Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用低渗溶液裂解细胞膜。 2.转座酶处理:将Tn5转座酶与转座酶适配剂一起加入到细胞裂解液中,使其与DNA结合。这样转座酶可以在暴露的染色质上结合并切割DNA。 3.DNA片段化:用碱性条件(碱性缓冲液)将DNA进行片段化处理,产生大约...
ATAC-Seq服务涵盖实验中的所有步骤,包括膜通透,添加带有接头的转座酶,在开放基因组位置通过转座酶插入接头,文库扩增,Illumina平台上的NGS以及生物信息学分析。我们对标准ATAC-Seq实验进行了优化,以确保我们将为您生成最优质的数据。我们接受培养的细胞系,原代细胞或冷冻组织样品,建议提交100,000个细胞或20-50 mg冷冻组...
ATAC-seq工作流程有五个主要步骤：样品制备、转座、文库制备、测序和数据分析。大致如下：(PMID: 35478247...
ATAC-seq技术操作步骤简单,细胞投入量少,适用范围广,是研究染色质可及性常用的实验手段。然而,该技术受到细胞核制备质量的限制,因此,获取背景干净的完整细胞核是关键前提。相较于动物细胞,植物与真菌细胞具有细胞壁结构,部分物种的细胞壁坚韧且成分复杂,剧烈的破壁方法可能会破坏细胞核完整性,而温和的方法又无法使细胞...
实验步骤简要:[2] 1. 样本准备: 从新鲜或冻存的样本中收集活细胞,并通过计数和质量检查确定细胞的活性和数量。 2. 细胞裂解: 使用非洗脱缓冲液或其他方法轻轻裂解细胞膜,释放细胞核而不破坏染色质结构。 3. 转座酶处理: 将含有适配体序列的转座酶(通常是Tn5转座酶)加入到细胞核裂解液中。转座酶会在开放染色质...
方法/步骤 1 10x单细胞ATAC-seq实验流程首先，将转座酶加入制备好的单细胞核悬液进行反应。随后，利用8通道的微流体双十字交叉系统将含Barcode的Gel Beads、细胞核和酶的混合物、油三者结合形成GEMs。在GEMs中，凝胶珠溶解释放大量barcode序列，DNA延伸带上barcode序列，并进行线性扩增。最后，进行illumina的文库构建。2...
# 基本实验程序包括四个步骤(图2a)：1.液滴形成：包裹在液滴中的每个细胞与裂解物和MNase混合；然后...
四、研究方法与步骤 1.样本准备:收集不同条件下的细胞样本,如对照组和实验组。 2. ATAC-seq测序:对样本进行ATAC-seq测序,获取数据。 3.数据处理与分析:利用生物信息学工具对数据进行处理和分析,包括质量控制、序列比对、峰值检测等。 4.共定位转录因子识别:结合已知的转录因子数据库和文献资料,对数据进行进一步的...
1.实验设计:本研究采用ATAC-seq技术对特定细胞或组织进行测序,获取转录因子在基因组中的分布数据。 2.数据处理:对ATAC-seq数据进行质量控制、峰值识别和注释等处理,以获得可靠的转录因子足迹信息。 3.共定位分析:利用生物信息学方法,对不同转录因子的足迹进行共定位分析,识别出共定位的转录因子。 4.验证与功能分析...