6.使用OMEGA PCR产物纯化试剂盒纯化上清(这个试剂盒回收的片段在200bp以上,正好保留住扩增产物,并过滤掉残留的引物片段,这是平时做实验看说明书找到的灵感,建议大家做实验也多看看说明书,就算有人带着做,最后也自己再看一遍。); 7.30ul ddH2O溶解回收纯化产物,取3ul进行凝胶电泳检测(加入等体积的1/3甘油作为Loadi...
1. 细胞核制备 裂解细胞,制取细胞核。高灵敏度ATAC-seq实验方案2.0(目录号:N248)最低兼容500个细胞进行实验,且提供常用的基础细胞裂解液,适用于人源、鼠源的细胞系;同时,对于其他非实验室培养细胞系的裂解,也可参照相关文献,在基础细胞裂解液中添加相应的成分从而达到更好的裂解效果。高质量的细胞核是实验成功的...
嘉因生物-ATAC-seq实验原理及应用, 视频播放量 1007、弹幕量 0、点赞数 19、投硬币枚数 9、收藏人数 53、转发人数 22, 视频作者 表观遗传上海嘉因, 作者简介 2014年伊始 专注表观遗传10年 更专业 更放心 http://www.rainbow-genome.com/,相关视频:超微量( 1μg RNA)MeRI
从上面的实验流程也可以看出,ATAC-seq中比较重要的步骤是细胞悬液制备和提取完整的细胞核,在细胞裂解和提取细胞核过程中,线粒体DNA可能会与染色体DNA一起被提取和处理,从而引入线粒体污染。线粒体是没有组蛋白保护的,容易被Tn5转座酶切割,同时线粒体的拷贝数也比染色体高很多,如果线粒体在实验过程中没有去除,很...
尝试到此。建立了atac-seq的索引。 3、将重复序列的文件与转录因子进行比较。 我想画得一张图是,比如行是转录因子,列是重复序列的家族。 cp/home/xxzhang/workplace/project/geneRegion/repeat_interest.bed ./catrepeat_interest.bed |sed's/\s/\t/g'|bgzip -c >Hs_repeat.bed.gz ...
1.2.载入10X ATAC-seq 数据 如果您的scATAC-seq数据来自10xgenomic平台,这里有一个从Cell Ranger ATAC输出创建输入CDS的示例。感兴趣的输出将在filtered_peak_bc_matrix文件夹中。 #读入稀疏矩阵格式的文件indata <- Matrix::readMM("filte...
ATAC-seq文库的构建包括细胞核制备、转位和扩增三个步骤。首先,将待检查的组织或细胞悬置为完整的、均匀的单细胞,随后在裂解缓冲液中培养产生粗核(图3A)。其次,悬浮的细胞核在转位反应混合物中孵育,产生DNA片段(图3B)。最后,将转置的DNA进行扩增,生成测序文库(图3C)。转座酶与样品染色质的反应是ATAC实验的关键步...
实验设计:用INTACT方法提取植物干细胞(stem cell)和叶肉细胞(mesophyll cells)的细胞核,然后通过ATAC-Seq比较两者在转录因子上的差别。 INTACT技术提供数据的利用率,因为ATAC-Seq主要是分析染色体的开放区域,所以比对到细胞器的序列在后期分析中会被丢弃。
实施例2:本实施例具体说明了应用于组织样本中染色体开放结合区域定位的atac-seq方法的步骤,包括以下步骤: 步骤一:细胞悬液制备: 制备含有2×106~5×106个细胞的细胞沉淀,将细胞沉淀进行以下处理3次:4℃、500g离心10min,去除上层清液,用预冷的pbs缓冲液洗涤;pbs缓冲液包括:200mmnacl,3mmkcl,1mmmgcl2,1mmcacl2,10m...