6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向6.5.1 干细胞分化造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调节机制。2018年,斯坦福大学的研究团队从健康人捐赠的骨髓中分选单个细胞进行scATAC...
通过回顾ATAC-seq的文献,作者描绘了测序方法,重点介绍了ATAC-seq的多组学联合应用,并在疾病和物种方面举了一系列研究案例。最后,作者汇总并比较分析了ATAC-seq数据分析的程序、网站和工具。小编节选其中的重要内容分享给大家。 Part 1 介绍 ATAC-seq技术使用Tn5转座酶来切割那些没有结合蛋白保护的DNA区域,用于分析染色...
Scasat还成功应用于公开可用的数据集,显示其用于处理和分析使用不同协议和平台生成的单细胞ATAC-seq数据集的总体效用。该工具的成功实施有助于进一步了解单细胞水平的表观遗传机制,并为更容易和更好地分析单细胞ATAC-seq数据提供了机会。 这些数据基于实际实验结果。Nucleic Acids Research评论认为,在未来,这种分析方法...
ATAC-Seq技术在间充质干细胞成脂分化早期研究中的应用
总结来看，ATAC-seq技术的发展与应用呈现出多维度、多领域的趋势，其与ChIP-seq、RNA-seq等技术的联合应用进一步推动了生物学研究的深入发展。未来，多组学分析与单细胞测序技术将成为研究主流，为揭示复杂生物系统提供了更多可能性。同时，爱基百客作为表观组学领域拥有丰富项目经验的公司，提供包括ATAC-seq...
染色质在可接近状态下可以允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)过来与之相结合,ATAC-seq技术(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)可对染色质结构开放区域进行捕获测序,仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,可应用于表观遗传机制研究领域。
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。
本文通过ATAC-seq技术分别在未分化和蜕膜化子宫内膜基质细胞定位了167940个和166699个ATAC-seq峰,即染色质DNA可接入位点,两组中ATAC-seq峰分布规律一致,都在启动子,内含子和远端基因间区域有显著富集.与对照组相比,蜕膜化组有大量基因位点的染色质可接入性发生了显著的变化.Ch IP-seq结果显示,组蛋白修饰H3K4me3和...
ATAC-seq测序技术简介 通过转座酶获取开放染色质信息的测序技术,英文全称为Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing。ATAC-seq测序技术的常规流程大致是,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,然后通过转座酶对核内的染色质进行打断(转座酶可以将自身结合的一段序列随机插入到基因组中)...
6.5 单细胞ATAC-seq的应用方向 6.5.1 干细胞分化 造血分化是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞组学技术有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调...