优势:使用细胞数较少;使用ATAC-seq识别全基因组上的开放染色质区域,在调控区域识别核小体结合和核小体游离位置,寻找全基因组范围内蛋白质可结合位点的信息,寻找不知道的特定转录因子;使用“footprint”推断dna结合蛋白在b细胞系中的位置。 ChIP-seq:一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。根...
相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
ATAC-Seq能从全基因组范围内推测可能的转录因子,还能通过比较不同时间的染色质开放区域解答发育问题。 分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别,都是peak-calling,也就是从比对得到BAM文件中找出reads覆盖区,也就是peaks峰。peaks: 峰。用来表示染色质的开放程度,因为是测序的reads落在了染色质的开放区,堆...
许多分析ChIP-seq数据的Peak Calling软件可用于ATAC-seq数据,而ENCODE选择MACS2作为ATAC-seq的标准Peak Calling软件。与ChIP-seq不同的是,由于Tn5酶切割的随机性和成本原因,ATAC-seq没有Input数据作为对照,所以需要Input数据的Peak Calling软件不能用于分析ATAC-seq数据。ATAC-seq数据中包含了NFR reads和DNA与核小体结...
总之,这种方法改进了ATAC-Seq,使研究人员能够在单细胞水平上研究许多样本类型的生物学变异,这将导致对细胞异质性的分子基础有更深入的了解。 基础知识 1.细胞核: 2.染色体: 染色体结构 3.核小体:DNA和组蛋白形成的染色质基本结构单位。 核小体结构.png ...
ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencing FAIRE-seq: Formaldehyde-Assisted Isolation of ...
第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 第2篇:原始数据的质控、比对和过滤 第3篇:用MACS2软件call peaks 第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools 第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC 第6篇:重复样本的处理——IDR ...
ATAC-seq是双端测序,我现在很大的问题是不会用循环得学,学会写脚本,不能每次都手打代码 第一步:明确样本,构建config.raw(不会写循环此步跳过) ##构建config ls *_1.fastq.gz > 1 ls *_2.fastq.gz > 2 paste 1 1 2 > config.raw cat config.raw ...
ATAC-seq分析 所用到的软件和ChIP-seq一样,所以直接在ChIP环境下进行即可 MD5值校验 用trim-galore软件质控过滤,然后直接fastqc 输入以下...
ATAC-seq 全称是 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing 可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序。参见下面示意图,它的主要原理是 Tn5 转座酶可以对染色质开放区域DNA切割并添加测序接头,然后进行高通量测序就取得了开放染色质区域的测序数据。与其他技术比较(DNase-Seq...