2、ATAC-seq在再生研究中的应用 图3.蠕虫基因组揭示了全身再生的调控图谱变化 愈伤组织的器官再生能力是动植物再生领域的核心科学问题之一。2019年,研究人员以三带黑豹蠕虫为模型,基于从头组装的参考基因组,利用ATAC-seq技术,绘制了再生过程中染色质可及性的动态变化图谱。主要研究结论:1、组装了高质量三带黑豹蠕虫参...
首先是样本制备,和常规技术如转录组、Lnc等的样本制备略微不同,ATAC-seq技术需要的样本建议使用梯度降温法进行冻存,我们以细胞样本为例: 1细胞类型:常见的悬浮细胞系正常离心收集弃去培养基即可使用;而对于大部分贴壁细胞系来说,按照常规流程使用胰蛋白酶消化后得到细胞悬液也可正常进...
ATAC-Seq简介 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构(如人的DNA链完整展开约2...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ATAC-seq技术简介 ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那什么是ATAC-seq技术呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。 真核生物的DNA并不是裸露的, 由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结构。这样的结构进一...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
单细胞ATAC-seq,顾名思义就是从单细胞水平上研究染色质开放性,已经被广泛应用于多个研究领域,例如: 肿瘤异质性研究 基因调控网络分析 细胞谱系示踪 生物标记物发现 03 单细胞ATAC-seq发表情况 根据Web of Science搜索“single cell ATAC”关键词获得的引文分析结果,从出版年统计可以看出18年单细胞ATAC-seq文章发表数...
ATAC-seq的原理是利用Tn5转座酶喜欢搬运DNA片段到开放区域的特性，将带有DNA序列标签的Tn5转座酶加入细胞核中，充分反应后，裂解细胞并测序，从而按照DNA标签找到开放区域。ChIP-Seq与ATAC-seq都是全基因组范围内检测染色质状态的技术，但它们的侧重点不同。ChIP-Seq侧重于研究特定转录因子或蛋白复合物的结合...
SnapATAC简介 SnapATAC(Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一个能够快速、准确和全面分析单细胞ATAC-seq数据的R包,它可以对单细胞ATAC-seq数据进行常规的数据降维、聚类和批次校正分析,鉴定远端调控元件并预测其调控的靶基因,调用chromVAR软件进行motif分析,同时还可以将scRNA-seq和scATAC-seq数据进行整合...