2、ATAC-seq在再生研究中的应用 图3.蠕虫基因组揭示了全身再生的调控图谱变化 愈伤组织的器官再生能力是动植物再生领域的核心科学问题之一。2019年,研究人员以三带黑豹蠕虫为模型,基于从头组装的参考基因组,利用ATAC-seq技术,绘制了再生过程中染色质可及性的动态变化图谱。主要研究结论:1、组装了高质量三带黑豹蠕虫参...
ATAC-seq: 利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可以测序。相比于ChIP-seq, 一次ATAC-seq实验就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域。相比于DNase-seq、MNase-seq和FAIRE-seq, ATAC-seq样品需求量大大减少。细胞量从500到50,000,远小于其它实验至少需要106。ATAC-seq需要的测序深度也...
首先是样本制备,和常规技术如转录组、Lnc等的样本制备略微不同,ATAC-seq技术需要的样本建议使用梯度降温法进行冻存,我们以细胞样本为例: 1细胞类型:常见的悬浮细胞系正常离心收集弃去培养基即可使用;而对于大部分贴壁细胞系来说,按照常规流程使用胰蛋白酶消化后得到细胞悬液也可正常进...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing,中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前,通过ATAC-seq方法发表的文章数量...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
ATAC-seq简介 ATAC-Seq简介 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构(如人的...
该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。
ATAC-seq的原理是利用Tn5转座酶喜欢搬运DNA片段到开放区域的特性，将带有DNA序列标签的Tn5转座酶加入细胞核中，充分反应后，裂解细胞并测序，从而按照DNA标签找到开放区域。ChIP-Seq与ATAC-seq都是全基因组范围内检测染色质状态的技术，但它们的侧重点不同。ChIP-Seq侧重于研究特定转录因子或蛋白复合物的结合...