ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。 ATAC-seq原理: 在核...
典型的ATAC-seq数据分析有6步: 原始测序reads的质量控制; 将读取的数据与参考基因组比对; Peak calling; Peak注释; 差异分析 其他下游分析,如motif富集分析。 由于ATAC-seq不需要抗体,它提供了一种有效的方法来表征表观遗传景观和识别潜在的顺式调控模块。与其他技术相比,ATAC-seq具有样本量少、制样时间短、可靠性...
ATAC-seq(Assay forTransposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing):结合高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是研究染色质开放性/可及性的测序技术。通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,即可获得在该时空下全基因组上所有的开放染色质区域信息。 mini ATAC-...
首先,我们先简单聊一下ATAC-Seq的技术原理:ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术。 我们都知道,真核生物的DNA并不是裸露的,而是由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
【ATAC-Seq简介】 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列...