因此，ATAC-seq得到的，是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域。本文提出ATAC-seq，是作为 MNase-seq ，FAIRE-seq 和DNAse-seq的替代实验。相比于它们，ATAC-seq具有的明显优势有：1、样本需求量大大减少需求的细胞量从500到 50,000，相比于其他实验动辄10^7个细胞的样本需求量，ATAC-seq对细胞量少这种情况...
研究人员通过单细胞ATAC-seq技术,分析了果蝇不同胚胎发育时期不同细胞类型的开放染色质区域,发现了数千个以前未知的调控元件可以组织特异性的调控染色质开放性。预测这些调控元件在发育过程中何时何地处于活性状态,从而调控细胞发育类型和决定细胞命运。这项研究揭示了通过染色质状态可以追溯胚胎发育。 。 。 总结 ATAC-...
A:先做个ATAC-seq,就当预实验了,check一下基因KO/KD是否引起了表观基因组水平上的变化。 Q:发现开放染色质发生了剧烈变化(Fig.1),这“预实验”发现的特征有点多。继续问:什么地方变了? A:做几个经典的组蛋白修饰的ChIP-seq,结合已发表的GRO-seq数据,发现这俩基因跟enhancer活性及其相关的histone mark有关...
因此,ATAC-seq得到的,是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域。本文提出ATAC-seq,是作为 MNase-seq ,FAIRE-seq 和DNAse-seq的替代实验。相比于它们,ATAC-seq具有的明显优势有: 1、样本需求量大大减少 需求的细胞量从500到 50,000,相比于其他实验动辄10^7个细胞的样本需求量,ATAC-seq对细胞量少这种情况非常...
Q:做啥实验?这俩基因KD/KO一定会引起表观调控的变化吗?那么多组蛋白修饰,做哪个的ChIP-seq? A:先做个ATAC-seq,就当预实验了,check一下基因KO/KD是否引起了表观基因组水平上的变化。 Q:发现开放染色质发生了剧烈变化(Fig.1),这“预实验”发现的特征有点多。继续问:什么地方变了? A:做几个经典的组蛋白...
以ATAC-seq为关键词在PUBMED上搜索可以查找到144篇文献,其中有不少文章发表在Nature、Cell及其子刊上。这些研究主要通过ATAC-seq定义的open chromatin区域 ,再结合motif 分析,识别哪些转录因子参与了基因表达调控。通常用来研究不同发育时期开放染色质区域的差异,查看差异区域富集了哪些转录因子的motif, 进一步得到哪些转录...
用ATAC-seq看开放染色质,用来衡量SWI/SNF的染色质重塑活性。 发现:ARID1A KO会引起染色质开放性剧烈变化,ARID1B KD就没反应; 在ARID1A KO细胞里KD ARID1B,会进一步改变“依赖于ARID1A区域”的开放状态。这解释了为什么这俩基因合成致死。 ARID1A蛋白比ARID1B含量高很多,说明ARID1A更多的参与形成SWI/SNF复合物,这部...
用ATAC-seq看开放染色质,用来衡量SWI/SNF的染色质重塑活性。 发现:ARID1A KO会引起染色质开放性剧烈变化,ARID1B KD就没反应; 在ARID1A KO细胞里KD ARID1B,会进一步改变“依赖于ARID1A区域”的开放状态。这解释了为什么这俩基因合成致死。 ARID1A蛋白比ARID1B含量高很多,说明ARID1A更多的参与形成SWI/SNF复合物,这部...