因此，ATAC-seq得到的，是全基因度尺度上处于开放状态的染色质区域。本文提出ATAC-seq，是作为 MNase-seq ，FAIRE-seq 和DNAse-seq的替代实验。相比于它们，ATAC-seq具有的明显优势有：1、样本需求量大大减少需求的细胞量从500到 50,000，相比于其他实验动辄10^7个细胞的样本需求量，ATAC-seq对细胞量少这种情况...
研究人员通过单细胞ATAC-seq技术,分析了果蝇不同胚胎发育时期不同细胞类型的开放染色质区域,发现了数千个以前未知的调控元件可以组织特异性的调控染色质开放性。预测这些调控元件在发育过程中何时何地处于活性状态,从而调控细胞发育类型和决定细胞命运。这项研究揭示了通过染色质状态可以追溯胚胎发育。 。 。 总结 ATAC-...
A:先做个ATAC-seq,就当预实验了,check一下基因KO/KD是否引起了表观基因组水平上的变化。 Q:发现开放染色质发生了剧烈变化(Fig.1),这“预实验”发现的特征有点多。继续问:什么地方变了? A:做几个经典的组蛋白修饰的ChIP-seq,结合已发表的GRO-seq数据,发现这俩基因跟enhancer活性及其相关的histone mark有关...
首先我们来看看,ATAC-seq是什么意思? 本文的说法:Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,简称ATAC-seq,即运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。关键词:测序,转座酶可接近染色质,转座酶能接近的区域,也就是处于开放状态的区域,这也是本实验的关键所在,测序和染色质开放区域。下图...
ATAC-seq主要用来研究表观遗传学调控。包括关注的信号通路,细胞发育,疾病发生等等。通过看开放染色质的变化来判断表观遗传学调控是否参与了该生物学过程。而进一步结合motif分析来研究哪些转录因子参与了基因表达调控。 使用更多的测序新技术,发表更好的研究成果。
Q:做啥实验?这俩基因KD/KO一定会引起表观调控的变化吗?那么多组蛋白修饰,做哪个的ChIP-seq? A:先做个ATAC-seq,就当预实验了,check一下基因KO/KD是否引起了表观基因组水平上的变化。 Q:发现开放染色质发生了剧烈变化(Fig.1),这“预实验”发现的特征有点多。继续问:什么地方变了? A:做几个经典的组蛋白...
用ATAC-seq看开放染色质,用来衡量SWI/SNF的染色质重塑活性。 发现:ARID1A KO会引起染色质开放性剧烈变化,ARID1B KD就没反应; 在ARID1A KO细胞里KD ARID1B,会进一步改变“依赖于ARID1A区域”的开放状态。这解释了为什么这俩基因合成致死。 ARID1A蛋白比ARID1B含量高很多,说明ARID1A更多的参与形成SWI/SNF复合物,这部...