癌症研究中胰腺癌、肝癌和膀胱癌,采用了ATAC-seq和RNA-seq与ChIP-seq等测序技术发现了新的调控机制,并指出表观遗传学调控可能是一个很有前途的抗癌靶点。 最近一个白血病的研究揭示了Ikaros蛋白的作用。该研究使用了ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq以及其他功能实验,Ikaros调控其目标基因全局表观景观和启动子区域的表观...
许多分析ChIP-seq数据的Peak Calling软件可用于ATAC-seq数据,而ENCODE选择MACS2作为ATAC-seq的标准Peak Calling软件。 与ChIP-seq不同的是,由于Tn5酶切割的随机性和成本原因,ATAC-seq没有Input数据作为对照,所以需要Input数据的Peak Calling软件不能用于分析ATAC-seq数据...
其中包括测定染色质可及性的转座可接近的染色质测序(ATAC-seq)[9,10],DNA酶I高敏位点测序(DNase-seq)[11,12,13]和甲醛辅助隔离调控元件测序(FAIRE-seq) [14];其测量转录因子(TF)结合[15,16,17]和组蛋白修饰[18,19]的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq); 检测核小体定位和占位[20,21]的微球菌核酸酶测序(M...
表观基因组测序技术,如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq),使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子,在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展,大量的表观基因组分析技术已经出现,如CHIP-seq、DNase I超...
ATAC-seq技术采用Tn5转座酶来切割未受蛋白质保护的DNA区域，用于分析染色质开放性与结构动态变化。该技术与ChIP-seq相辅相成，两者联合分析有助于探索蛋白调控基因表达的机制，为识别转录起始调控因子带来的转录差异提供可能。此外，ATAC-seq与ChIP-seq结合RNA-seq技术，能构建基因表达调控的综合图谱，揭示...
康测科技与这篇综述推荐的ATAC-seq分析流程相比稍有不同:在Peak Calling步骤引入IDR分析来判断Peak可信度;差异Peak分析使用bedtools和单独的edgeR包结合自编脚本提高差异Peak分析中参数设置自由度等,本质都是为了得到准确度和可信度更高的分析结果。 该review对于大家理解ATAC-seq分析的流程,解释ATAC-seq分析结果有着非常...
2022年5月13日,国际知名期刊Briefings in Bioinformatics上发表了西北工业大学一篇关于ATAC-seq的综述文章,该研究聚焦于表观组学和转录组。通过回顾ATAC-seq的文献,作者描绘了测序方法,重点介绍了ATAC-seq的多组学联合应用,并在疾病和物种方面举了一系列研究案例。最后,作者汇总并比较分析了ATAC-seq数据分析的程序、网站...