CUT&Tag文库定量 总结 参考文献 背景介绍 近年来,ATAC-seq和CUT&Tag已然成为研究染色质结构的热门技术手段。 ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high throughoutsequencing)利用Tn5酶的转座特性,帮助我们了解开放染色质,转录因子印记和核小体的定位。 而同样使用Tn5转座酶的CUT&Tag技术则是利用靶...
ATAC-seq文库制备步骤: 1.细胞或组织样品的获取: 要进行ATAC-seq分析,首先需要获得待测样品。通常使用冻存的细胞或组织样品,但也可以使用新鲜的样品。对于细胞样品,可以通过洗涤和离心的方法来分离细胞。对于组织样品,通常需要进行机械分散或胶原酶处理来获得单个细胞。对于某些特殊类型的组织,可能需要额外的步骤来获取...
为了评估ATAC-Seq和CUT&Tag文库,我们建议在文库扩增后,使用DNA片段分析仪,如安捷伦 TapeStation系统与D1000 Screen Tap Assay或安捷伦Bioanalyzer与DNA 1000 Chip检查片段分布。 片段的电泳图可以很好地显示片段的大小和它们的峰形,最好是选择分辨率小于1000bp的检测方法。 ATAC-Seq文库的质检 真核生物的染色质基本结构...
ATAC-seq文库片段将从200 bp左右开始出峰,且由于切割到的核小体个数不同,堆积出多个峰,峰相距160-200 bp,一直到1000bp左右为止。可以参考以下的分布图: 图1:典型成功的 ATAC-seq 文库分布图(BioAnalyzer 2100) 由于样品类型、细胞数量和实验过程中的差异,ATAC-seq文库的大小和形状可能会有很大差异,包括核小体...
1.文库复杂度:指的是文库中DNA序列的复杂程度,一定的文库复杂度对后期测序数据的分析尤为重要,复杂度高的文库测序得到的数据重复读数少,可以带来更多有意义的信息,反之,低复杂度的文库在信号读取时往往产生簇信号混杂,易产生低质量的测序数据。 文库复杂度与Input样本质量、文库的转化率、文库扩增时循环数有关。当文...
百度文库 期刊文献 图书atacseq质量标准atacseq质量标准 ATAC-seq(开放式染色质可及性测序)是一种用于研究染色质结构和基因组可及性的技术。在进行ATAC-seq实验时,需要考虑一些质量标准以确保实验结果的准确性和可靠性。 首先,ATAC-seq实验中的样本质量至关重要。样本的处理过程需要最大限度地保持细胞完整性,并且...
百度文库 其他 ATAC-seq是什么?该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列再通过聚类分析挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子结合基因表达水平数据发现关键的调控转录因子 ATAC-seq是什么? 染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互...
atac-seq作为一种广泛应用于基因组学研究的高通量测序技术,样本文库的质控标准对于实验结果的可信度和可重复性至关重要。通过对DNA质量、转座子插入效率、文库大小选择、实验重复性和负对照实验等方面的评估,可以确保样本文库的质量达到标准,为后续的数据分析和结果解释奠定基础。在进行atac-seq实验时,科研工作者需要充...
ATAC-seq文库质检 真核生物染色质的基本结构单位是核小体，由147bp的DNA缠绕在组蛋白八聚体上，由20-90bp的DNA linkers链接。染色质DNA与组蛋白的紧密或松散缠绕状态控制基因表达。开放染色质区域允许转录启动子和增强子与DNA结合，激活转录；而封闭染色质区域则隐藏启动子和增强子，抑制转录过程。ATAC-...
百度文库 其他 atac-seq原理atac-seq原理 ATAC-seq原理: 利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。 1、DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。DNA的复制和转录都需要将染色质紧密结构打开,从而允许调控因子结合DNA。这部分被打开的染色质,就叫开放...