为了评估ATAC-Seq和CUT&Tag文库,我们建议在文库扩增后,使用DNA片段分析仪,如安捷伦 TapeStation系统与D1000 Screen Tap Assay或安捷伦Bioanalyzer与DNA 1000 Chip检查片段分布。 片段的电泳图可以很好地显示片段的大小和它们的峰形,最好是选择分辨率小于1000bp的检测方法。 ATAC-Seq文库的质检 真核生物的染色质基本结构...
ATAC-seq文库片段将从200 bp左右开始出峰,且由于切割到的核小体个数不同,堆积出多个峰,峰相距160-200 bp,一直到1000bp左右为止。可以参考以下的分布图: 图1:典型成功的 ATAC-seq 文库分布图(BioAnalyzer 2100) 由于样品类型、细胞数量和实验过程中的差异,ATAC-seq文库的大小和形状可能会有很大差异,包括核小体...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
有文献认为信噪比是ATAC-seq重要的质量控制指标,并通过TSS Score来评估ATAC-seq的信噪比。如图5所示,两个具有相似 TSS Score(分别为 8.3 和 8.8)的文库具有不同的分布,所以不能认为没有明显核小体峰图的文库是失败的,二者要综合来看;TSS Score为1.7的文库则只有很低的信号富集,显然是失败的实验。 图5. ATAC-s...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
与ATAC-Seq不同的是,CUT&Tag文库不会有那么多的小片段,因为pA-Tn5只在抗体结合的地方进行切割。 由于相邻核糖体之间的峰-峰距离,在文库分析中通常会观察到单核小体和寡核小体的片段呈等梯度出现。 DNA上adapter的长度为135bp,而核小体间隔约150-200bp,在检测结果中的体现就是峰与峰之间的间隔频率约为150-...
用Qubit检测文库浓度,Qsep400仪器(Bioptic)检测文库质量。质量较好的文库呈现三个核小体峰,大小分别是核小体的1到3倍(约170bp,340bp,500bp),核小体峰连接处圆滑呈现“碗状”。 爱基百客文库结果展示: 真菌菌丝文库库检图 植物组织文库库检图 07
ATAC-seq文库的构建包括细胞核制备、转位和扩增三个步骤。首先,将待检查的组织或细胞悬置为完整的、均匀的单细胞,随后在裂解缓冲液中培养产生粗核(图3A)。其次,悬浮的细胞核在转位反应混合物中孵育,产生DNA片段(图3B)。最后,将转置的DNA进行扩增,生成测序文库(图3C)。转座酶与样品染色质的反应是ATAC实验的关键步...
对新鲜样品和快速冷冻样品文库进行二代测序,使用R包Gviz在基因组坐标上绘制测序数据,以进行手动检查轨迹和峰的局部可视化(图2c)。用高活性Tn5酶处理人的total DNA作为阴性对照,并将文库与ATAC-Seq样品一起测序。新鲜神经元ATAC-Seq峰图尖锐,与ENCODE数据库中组蛋白修饰H3K4me3 的ChIP-seq数据信号重叠,MACS2 q值阈值...
影子基因使用自主研发的ATAC-seq 建库试剂盒对不同类型冰冻组织进行ATAC文库构建。结果表明:影子基因ATAC-seq 建库试剂盒文库产出稳定,文库峰型呈现典型的特征峰。 2.2 简单高效,从组织样本快速获取细胞核 影子基因使用自主研发的ATAC-seq 建库试剂盒进行ATAC文库构建,实现从组织样本中高效提取细胞核。结果表明:影子基因...