ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过NGS测序,并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。 与其他技术(例如研究相似染色质特征的FAIRE-Seq或DNase-Seq...
其实验原理大致如下: 图2 ATAC-Seq技术原理[2] 针对植物,Tn5转座酶同时可以锚定核外的遗传物质,如叶绿体的基因组,降低了映射到核基因组的Reads比例,减少了可用于鉴定开放染色质调控区域的信息量,且植物细胞有细胞壁的存在,因此用于ATAC-Seq的动植物样品在提取过程中存在差异,这里我们先只介绍动物组织样品的处理方法...
1. ATAC-seq技术对低至500个细胞的实验有效 相对于ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等染色质开放区信息的探索技术,ATAC-seq技术的优势在于所需细胞量较低,而且信噪比高、特异性强、耗时短(约3h)。 图4. ATAC-seq与DNase-seq、MNase-seq的性能对比(2013,William J) 2. 物种适用性好 ATAC-seq技术经过后续的不...
图1 ATAC-seq原理简图 由于真核生物的核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构(这样就能将长长的DNA链,折叠成小小的结构,装进小小的细胞核里啦~)。而DNA的复制、基因的转录需要将DNA紧密结构部分打开,这部分打开的染色质,就叫开放染色质...
ATAC-seq技术原理 - 图示 A, ATAC-seq文库构建示意图。转座子只能插入开放的染色质DNA,所以利用Tn5转座酶,将携带测序标签的转座复合物加入到细胞核中,后续利用标签进行PCR扩增,即可识别开放染色质; B, 转座后成为DNA片段。在72°C延长,与adapter连接,在扩增,随后PCR扩增出来的序列就包含了adapter、共有序列末端、...
图1 ATAC-seq技术原理[1] 单细胞测序技术优势 单细胞测序技术作为微量细胞、稀少样本、细胞异质性的完美解决方法,自技术推出以来,已广泛应用于肿瘤、免疫、发育、神经、微生物等研究领域。细胞异型性是细胞之间的重要差异,仅使用组织样本进行二代测序,会掩盖样本的真实结果,无法进行细胞层面的研究。如下图所示,进行组...
ATAC-Seq是一种高效表观遗传学研究工具，依赖于高活性转座酶Tn5和下一代测序（NGS）技术构建文库。其主要优势在于使用较少细胞（约50,000个）在较短时间内完成实验，且可同时评估开放染色质、核小体定位与转录因子占用。与其他技术相比，它在所需样品数量方面有显著改进，且具备生成高分辨率图谱的能力。...
ATAC-seq实验的操作方法如下图所示。即对核基因组DNA中开放区域,用Tn5转座酶,将其切割下来,构建成测序文库,进行测序和分析。 图1 ATAC-seq建库示意图 图2 ATAC-seq测序数据分析示例图(片段大小分布及染色质状态分析) 2. ATAC-seq的应用 真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精...
图1 ATAC-seq技术原理[1] 单细胞测序技术优势 单细胞测序技术作为微量细胞、稀少样本、细胞异质性的完美解决方法,自技术推出以来,已广泛应用于肿瘤、免疫、发育、神经、微生物等研究领域。细胞异型性是细胞之间的重要差异,仅使用组织样本进行二代测序,会掩盖样本的真实结果,无法进行细胞层面的研究。如下图所示,进行组...