atac-seq作为一种广泛应用于基因组学研究的高通量测序技术,样本文库的质控标准对于实验结果的可信度和可重复性至关重要。通过对DNA质量、转座子插入效率、文库大小选择、实验重复性和负对照实验等方面的评估,可以确保样本文库的质量达到标准,为后续的数据分析和结果解释奠定基础。在进行atac-seq实验时,科研工作者需要充...
CUT&Tag文库质检 CUT&Tag文库产量 CUT&Tag文库定量 总结 参考文献 背景介绍 近年来,ATAC-seq和CUT&Tag已然成为研究染色质结构的热门技术手段。 ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high throughoutsequencing)利用Tn5酶的转座特性,帮助我们了解开放染色质,转录因子印记和核小体的定位。 而同样使用...
1.文库复杂度:指的是文库中DNA序列的复杂程度,一定的文库复杂度对后期测序数据的分析尤为重要,复杂度高的文库测序得到的数据重复读数少,可以带来更多有意义的信息,反之,低复杂度的文库在信号读取时往往产生簇信号混杂,易产生低质量的测序数据。 文库复杂度与Input样本质量、文库的转化率、文库扩增时循环数有关。当文...
ATAC-seq和CUT&Tag文库通常来源于完整细胞核或细胞，转座体穿过细胞膜进入染色质内部进行转座反应，同时将测序接头序列与片段化的DNA相连接。这种可及性受到多种因素影响，如细胞类型、数量、活性、结团状态及Tn5与DNA的比例，从而导致文库片段存在较大差异。研究者经常询问：“我的文库是否正常，是否可以继...
与其他测序文库相比,ATAC-Seq和CUT&Tag 文库的质量评判更加具有不确定性,因为不同的样品类型或不同的预处理之间可能有相当大的差异。 ATAC-seq和CUT&Tag的文库通常从完整的细胞核或完整的细胞中制备,转座体通过核膜或细胞膜进入到染色质内部进行转座反应,并将测序接头序列与片段化的DNA相连接。