所述第二步中多细胞水平的质量控制方法:来自多个scatac-seq数据样本组合的scatac-seq数据集被认为是一个多细胞的atac-seq数据。对于该层面的质量控制主要包括以下几个步骤,首先罗列出测序片段的比对结果总结,例如序列的回帖率;其次使用macs对“多细胞”的atac数据进行检测“combinedpeaks”,其输出结果(peakmatrix)用于进...
公开了一种大批量单细胞ATAC‑seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤:第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件;第二步、测序片段水平和多细胞水平的质量控制;第三步、单个细胞层面的质量控制;第四步、细胞聚类和细胞特异峰的探测:第五步、给用户提供一份质量控制的报告...
本发明公开了一种大批量单细胞ATAC‑seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤:第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件;第二步、测序片段水平和多细胞水平的质量控制;第三步、单个细胞层面的质量控制;第四步、细胞聚类和细胞特异峰的探测:第五步、给用户提供一份质量控制的...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖