通过创建一个 bigWig 文件,我们可以大大加快在基因组浏览器中查看 ATACseq 信号堆积的速度。此时可以对总映射读取进行额外的标准化。 代码语言:text 复制 openRegionRPMBigWig <- gsub("\\.bam", "_openRegionRPM\\.bw", sortedBAM) myCoverage <- coverage(atacFragments, weight = (10^6/length(atacFragme...
现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将读入 R 的内容。 我们将 scanBamFlag() 函数...
python giggle_heat_map.py-cTF.txt-s state.txt-iHs_repeat.bed.gz.giggle_v2.result-oHs_repeat.bed.gz.giggle.result_v3.pdf 5、对atac-seq的数据构建索引 awk-vFS="\t"'{print$1"\t",$3"\t",$2"\t",$5"\t",$6"\t",$7"\t",$4"\t",$1"_sort_peaks.narrowPeak.bed"}' human_...
ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据,需要比对到参考基因组并且找其峰值(peaks)并且进行基因功能元件注释或者motif注释,我们仅仅是收取一个计算机资源的费用,800-1600元人民币(根据样品数量不同收费不一样)即可,并且提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据,一样的费用!我们会代替你跑如下所示的流程:...
//mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes ##新建小环境 conda create -n atac python=2 bwa conda info --envs source activate atac ##可以用search先进行检索 conda search trim_galore ##保证所有的软件都是安装在atac这个环境下面 conda install ...
安装cellranger-atac 参考: https://support.10xgenomics.com/single-cell-atac/software/pipelines/latest/installation 重命名fastq for file in *.fastq; do if [[ $file == *"_1.fastq" ]]; then mv "$file" "${file/_1.fastq/_S1_L001_I1_001.fastq}" ...
本课程仅供全国巡讲学员购买,不提供售后,其他人请勿购买完成生信技能树的linux20题及R语言20题,并录制视频发送到邮箱jmzeng1314@163.com
该研究建立了名为SCATE的模型,从以下三个方面解决单细胞ATAC-seq数据处理中的问题:(1)综合考虑顺式调控元件和细胞的相似性,合并同类顺式调控元件和细胞,在提升信噪比的同时保持对顺式调控元件在细胞间和细胞内的特异性进行检测的能力。(2...
ATAC-seq和RNA-seq数据的批量处理分析软件是由中国农业科学院农业基因组研究所著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1538361,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq和RNA-seq数据的批量处理分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
ATAC-seq数据处理分析软件是由南京诺禾致源生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR921052,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq数据处理分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!