第一个数据集来自原始ATACseq 论文。我们将使用ATACseq_50k_Rep2示例GEO - GSM1155958可以从ENA以FASTQ格式获取数据。 SAMN02192806 - here 4.2. data_2 对于第二个数据集,我们将UCSD的Bing Ren生成的ATACseq作为ENCODE联盟的一部分。它包括来自小鼠几种组织的样本。数据和示例信息的链接包含在下面的列表中。 Liv...
这些结果说明MdHT1.2介导葡萄糖从根际转运到根中增加根中可溶性糖的积累可以增强抗旱性。 随后,ATAC-seq数据被再一次用来分析可能调控MdHT1.2的上游转录因子。MdHT1.2的启动子和5′UTR存在开放染色质区,其中包含15个转录因子(TF)的结合基序,依据它们在干旱处理下苹果中的表达模式初步确定了4个TFs。 图3、调控MdHT1.2...
第一个数据集来自原始ATACseq 论文[2]。我们将使用ATACseq_50k_Rep2示例GEO - GSM1155958可以从ENA以FASTQ格式获取数据。 SAMN02192806 - [here](https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMN02192806“SAMN02192806”) 4.2. data_2 对于第二个数据集,我们将UCSD的Bing Ren生成的ATACseq作为ENCODE联盟的一...
ATAC-seq分析:数据处理(5) 1. 子集划分 我们可能希望将比对的读数分成代表核小体游离和核小体占据的读数。在这里,我们通过使用插入大小来过滤读取,为代表无核小体、单核小体和双核小体的读取创建 BAM 文件。 代码语言:text 复制 atacReads_NucFree <- atacReads[insertSizes < 100, ] atacReads_MonoNuc <-...
采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz Treated_R1.fastq.gz Treated _R2.fastq.gz #multiqc ./ 2. 过滤 采用Cutadapt对测序文件进行过滤,目的包括:去除测序引物及接头、去除reads两端低质量碱基、去除N碱基过多的reads、去除截短后单端reads长度小于75...
下面介绍几种不同酶获取数据的差异 ATACseq, MNaseseq and DNaseseq DNaseseq- 酶消化以从转录因子结合位点周围的开放染色质中提取信号。 MNaseseq- 酶消化以提取代表核小体定位的信号。 ATACseq- 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。
phantompeakqualtools 是一个用于计算ChIP-Seq数据富集和质量度量值的一个工具包。我们将使用该包来计算基于链交叉相关峰的主要插入大小(fragment length)和基于相对phantom peak的数据质量度量值。phantompeakqualtools是一个R包,依赖samtools。下载phantompeakqualtools ...
该软件一共内置了10个子选线以实现不同的功能。对于常规的ATAC-seq数据鉴定转录因子活性只用前三个选项即可完成。 1-ATACorrect ATAC-seq测序中用到的Tn5转座酶具有明显的的插入偏见,这干扰了足迹分析,因此应该进行校正。ATACorrect选项用来实现这种校正。
一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验 7.模型的估计 一、面板数据基本概念 面板数据,即Panel Data,也叫“平行数据”,是指在时间序列上取多个截面,在这些截面上同时选取样本观测值所构成的样本数据。或者说他是...
数据分析 ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing“的缩写,使用高通量测序 (ATAC-seq) 检测转座酶可及染色质是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法。通过 ATAC-seq,来自少数细胞的读数反映了与核小体定位和转录因子结合位点相对应的可及性区域,并使用生物信息...