由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3:峰的召回 step4:峰的注释 step5:差异分析 step6:基序分析、通路分析、核小体占据率分析、和其他组学...
因此,如果你正在寻找所有的ATAC-seqESCA峰,至少在两个样本中应该使用特定的癌症集合。 5 Using ATAC-seq counts to compare two groups 用atac-seq计数比较两组。 通过下一节,我们将加载归一化计数数据,并比较两组样本,以确定在给定组中哪个峰值比另一组更强。 本节使用的主要两个文件是: 归一化ATAC-seq插入...
lane1_reverse_unpaired.fq.gzILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:25 结果发现,使用以上参数有三个文件中的数据100%被过滤掉了,但是其他数据draped率不超2%,个人推测trimmomatic参数设置过于严格不适合我的短片段数据。 因此,换用了目前比较新的fastp过滤软件,如需了解...
差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。 七、峰注释 在科研分析中我们往往需要将peak区域与基因联系起来,也就是通过对peak进行注释找到pe...
我们先来看一下分析流程吧。 1 数据分析概述 1.1 原始数据质控 Trim galore 去除线粒体、PCR重复。 1.2 ATAC-Seq数据质量评估 ChIPQC:一个R包,可以给出多个质量评估度量值 IDR: 样本内的重复性检测,合并一致性peaks 1.3 注意基因组的黑名单(重复序列,微卫星序列) ...
一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验 7.模型的估计 一、面板数据基本概念 面板数据,即Panel Data,也叫“平行数据”,是指在时间序列上取多个截面,在这些截面上同时选取样本观测值所构成的样本数据。或者说他是...
ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC软件来可视化碱基...
分析流程:分为数据预处理,Peak-calling和后续分析三步。 数据预处理 数据预处理步骤分为:质量控制,原始序列比对,比对后去除重复序列和细胞器序列。当然在这之前,先得做一下准备工作,创建工作环境,从SRA下载数据并进行数据解压。 # 创建项目文件下 mkdir-p ATAC-Seq/{data/raw_data,analysis,script,ref} ...
ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools 分析流程: 1. 质控 采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz ...