ATAC-seq分析:TSS 信号(7) ATACseq - 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。 1. 数据类型 上面这意味着我们的数据中可能包含多种信号类型。 我们将从无核小体区域和转录因子(我们的较短片段)周围获得信号。 我们的一部分信号将来自开放染色质(较长片段)中的核小...
ATAC-seq分析:比对(3) 1. 质控 在比对之前,我们建议花一些时间查看 FASTQ 文件。一些基本的 QC 检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差,例如读取质量的意外下降或非随机 GC 内容。 2. Greenleaf 在本节中,我们将稍微处理一下 Greenleaf 数据集。 我们将处理从 FASTQ 到 BAM 的 Greenleaf 数据的一个样本...
在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。 另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初...
在最后一部分,我们可以将我们的差异 ATACseq 区域注释到基因,然后使用基因信息来测试 GO 集的富集。 由于我们有 TSS +/- 500bp 范围内的区域子集,此时我们可以使用标准富集分析。这里我们使用clusterProfiler来识别富集。 anno_KidneyMinusHindbrain <- annotatePeak(KidneyMinusHindbrain, TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.m...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq预分析 ATAC-seq分析的第一步是预分析,主要包括三个部分:1. 测序原始数据质控;2. 序列比对(Mapping);3. 比对后处理和质控。 01 测序原始数据质控 对ATAC-seq的测序原始数据质控和序列比对的流程与其它二代测序数据标准分析流程基本相同,比如可以选择FastQC...
综上所述,scRNA-seq和scATAC-seq关联分析是高分文章中常用的多组学分析策略之一。通过两组学的联合应用,我们能够同时研究单个细胞的功能及其表观调控,从而更深入地理解细胞的异质性、动态变化和调控机制。 基迪奥在单细胞领域拥有丰富的项目经验,我们提供定制化的单细胞数据挖掘服务,可协助客户定制个性化的关联分析方案和...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...
分析流程: 1. 质控 采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz Treated_R1.fastq.gz Treated _R2.fastq.gz #multiqc ./ 2. 过滤 采用Cutadapt对测序文件进行过滤,目的包括:去除测序引物及接头、去除reads两端低质量碱基、去除N碱基过多的reads、去除截短...
科学家们为了克服当前方法的局限性,就开发出了新的技术对表观遗传的整体面貌进行分析。ATAC-Seq就是在这种情况下诞生的! ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在...