ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
ATAC-seq的原理ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)技术是一种利用Tn5转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。染色质可及性,即染色质的开放程度,指的是…
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
atac-see原理 ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)即染色质可及性高通量测序技术,其原理主要基于转座酶可以特异性地结合在染色质开放区域这一特性,具体如下: 1. 染色质开放区域与转座酶的结合。 染色质的结构是动态变化的,在基因组中,有一些区域的染色质结构较为...
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 常见的染色质开放区主要...
ATAC-Seq的原理 细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有广泛应用,借助二聚体Tn5独特的“标记”功能,可以切割双链DNA并将得到的DNA末端连接到特定的接头上。ATAC-Seq也是利用Tn5转座酶技术,转座酶可以结合到染色质的开放区域并进行切割打断,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进...
图1:ATAC-seq技术原理图 技术应用 1. 绘制开放染色质图谱,对于研究基因组结构和功能、疾病诊断和治疗等方面都具有重要的意义。 2. 通过motif分析,识别参与基因调控的转录因子,对于理解基因表达的复杂机制以及与基因相关疾病的发生机制非常重要。 3. 识别转录因子调控的靶基因和功能元件,研究转录因子在细胞生长、分化、...
简单来说，ATAC-seq能告诉我们在特定细胞中哪些DNA区域是“开放”的，哪些是“关闭”的。更进一步，单细胞ATAC-seq则是在单个细胞水平上检测染色质可及性，这意味着我们可以看到每一个细胞内基因的开关状态，从而揭示不同细胞类型在不同条件下的独特基因表达模式。二、单细胞ATAC测序的技术原理 那么，这项技术是如何...