ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
ATAC-Seq 实验原理 在ATAC-seq试验中,细胞或组织样本在核质分离后,将细胞核单独收集在一起,并通过Tn5转座酶对核内的染色质进行切割。紧密包裹的染色质DNA不会被Tn5转座酶切割,而开放区域的染色质DNA会被Tn5转座酶随机插入并切割,并将NGS接头添加到开放的DNA中,后续进行建库、测序、分析,即可得到开放染色质的信息。
ATAC-seq:三个不同成熟期的果肉; 代谢组:三个成熟期的果肉和果皮。 研究目的: 通过比较基因组和变异分析,揭示了Mca与其他葫芦科植物的进化关系和基因变异。并基于染色质可及性(ATAC)测序、转录组测序和代谢组分析,鉴定出与果实质地、色素沉着、苦味、植物激素合成和信号转导相关的基因,揭示了苦瓜成熟过程中果实品...
ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区...
ATAC-Seq的原理 细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有广泛应用,借助二聚体Tn5独特的“标记”功能,可以切割双链DNA并将得到的DNA末端连接到特定的接头上。ATAC-Seq也是利用Tn5转座酶技术,转座酶可以结合到染色质的开放区域并进行切割打断,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进...
ATAC-seq基础原理一文了解:【一文了解ATAC-seq】一、基础知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序方法1. 探索染色质的开放性(chromatin accessibility) ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencing DNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencing FAIRE-seq: Formaldehyde-Assisted Isolation of ...
Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶,常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理,可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。 Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...