15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
依据算法不同,文章将软件如下图分类,其中只有 MACS2 是专门为 ATAC-seq 开发软件,推荐使用MACS2和HOMER进行 Peak calling. 至于Peak differential analysis 目前没有针对 ATAC-seq 专门开发的工具,对于那些借鉴 RNA-seq 差异基因分析的工具/方法,考虑到峰形状和分布也是非常重要的差异信息,作者认为如果有工具能够包含...
首先该研究利用五种人类细胞系(GM12878, eHAP1, HEK293T, HFF-1 and K562)以及在体的人类外周血单核细胞(PBMCs),证实了scNanoATAC-seq技术可以像基于二代测序平台的scATAC-seq一样根据染色质开放状态对不同细胞类型进行准确分群并且揭示关键...
与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-extend的方法进行分析,ATAC-seq需要向外shift。如下图: 比如我们测序reads长度是150bp,两条reads的5‘端代表Tn5的酶切...
ATAC-seq通过使用过度活跃的Tn5转座酶探测开放染色质来识别可访问的DNA区域,该转座酶将测序适配器插入基因组的开放区域。然后,测序读数可用于推断染色质可及性增加的区域,以及绘制转录因子结合区域和核小体位置的图谱。ATAC-seq工作流程有五个主要步骤:样品制备、转座、文库制备、测序和数据分析。大致如下:(PMID: ...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...
图1 基本分析流程图 研究方法 对收集得到的样本,进行细胞核分离、核酸提取以及文库制备,分别进行snRNA-seq和snATAC-seq测序和生信分析,然后做单细胞核转录组和单细胞核染色质可及性联合分析,鉴别肾组织的特定细胞类型。对特定的细胞类型,通过建立小鼠模型,来探索不同疾病(急性和慢性)中异质性和功能影响。
实验流程 10x Genomics单细胞ATAC-Seq实验流程 分析流程 单细胞ATAC分析流程图 应用方向 a.研究细胞异质性; b.探索生物标志物; c.定义细胞类型; d.构建基因调控网络。 产品优势 a.可检测单细胞转录调控区域中的开放染色质; b.每个通道可容纳500~10000个细胞核; ...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...
ATAC-seq分析的第一步包括比对前QC,read比对到参考基因组,和比对后QC和处理(图2A)[32]。 比对前质量控制 比对前质量控制和read比对步骤是大多数高通量测序技术的标准配置。例如,FastQC [39]可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布、序列重复水平、k-mer过高以及引物和衔接子的污染。总体高的...