通过整合ATAC-seq和RNA-seq数据分析,共筛选出1395个DEG(图3b)。在RNA-seq和ATAC-seq联合分析结果中,具有开放-DACR介导的上调和封闭-DACR中介的下调关系的基因被标记为红色。其中,349个开放-DACR介导的下调相关基因和126个封闭-DACR中介的下调相关基因被鉴定。通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感...
在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- RunTFIDF(pbmc) pbmc <- RunSVD(pbmc) 注释细胞类型 为了注释数据集中的细胞类型,我们可以使用 Seurat 包中...
为确定a-PSCs中的SEs景观,使用H3K27ac ChIP-seq和ATAC-seq联合分析,确定a-PSCs中SEs可潜在调控1121个基因,对其中几个代表性基因进行GO分析,结果显示这些基因主要富集与ECM组织相关的生物过程中,表明SEs可能有利于PSCs的激活。为进一步验证,进行了a-PSCs的ATAC-seq,结果发现ChIP-seq和ATAC-seq获得的SE图谱基本一...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 1)翻译特征总结。RFs长度在32nt左右,主要在CD...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。
DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-FindTopFeatures(pbmc,min.cutoff=5)pbmc<-RunTFIDF(pbmc)pbmc<-RunSVD(pbmc) 注释细胞类型 ...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各自的差异都有自己的流程和阈值,两个联合起来就是散点图...
其实根据他文章所说,可以都按照双端测序的流程就行解压。具体我没有测试,我是把双端和单端数据(也就是ATAC-seq和RNA-seq)分别进行处理的。将单端的ID命名为single.txt, 双端测序的ID命名为paired.txt。对于双端测序的文件。 for id in `cat ../paired.txt`; do ...