该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细...
To control for sequence bias, the same ATAC protocol was applied to genomic DNA from synchronous wild-type 3D7P. falciparumring stage parasites using 547.0 ng or 60.8 ng of input DNA. 看一下8个RNA-seq的数据,其用的是链特异性(Strand-specific )RNA-seq,关于链特异性RNA-seq可以参考这两篇博文:...
同时展示基因表达和DNA开放性 利用CoveragePlot()功能,我们可以同时观察基因表达和DNA可及性数据。这种方式便于对不同细胞类型在特定区域内的DNA开放性进行比较,并且能够将不同基因的表达情况叠加显示,以便于分析。 DefaultAssay(snare)<-"ATAC"CoveragePlot(snare,region="chr2-22620000-22660000",features="Gad2")...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
接下来作者对ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组的数据进行联合分析(图8.A),GO分析显示了脂肪酸代谢通路的显著变化(图8.B),PPARα内源性配体是饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸或其衍生物,接下来使用气相色谱检测了肾脏中的脂肪酸水平,与对照组相比,UNX组中饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸浓度显著升高(图8.C),另外小鼠肾脏脂质含量...
联合RNA 和 ATAC 分析:SNARE-seq 引言 本文将带您分析一个单细胞联合检测数据集,该数据集能够同时测量细胞内的基因表达水平和DNA的可及性。 这项数据集由Chen、Lake和Zhang在2019年发表,采用了一种名为SNARE-seq的技术。由于该数据集并未公开,我们已将原始数据重新映射至mm10基因组。您可以通过以下链接下载: ...
同时展示基因表达和DNA开放性 利用CoveragePlot()功能,我们可以同时观察基因表达和DNA可及性数据。这种方式便于对不同细胞类型在特定区域内的DNA开放性进行比较,并且能够将不同基因的表达情况叠加显示,以便于分析。 DefaultAssay(snare) <- "ATAC" CoveragePlot(snare, region = "chr2-22620000-22660000", features =...
(1)ATAC-seq和RNA-seq联合分析——原始数据的获取 前言 以这篇文章 Chromatin Accessibility-Based Characterization of the Gene Regu... 1.8BioinfoFungi014 ATAC-seq指南(一) ATAC-seq Guidelines(1) 写在前面(19.11.14,11.19) 最近需要写一份博士研究计划,感觉最近单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和单细胞ATAC-seq...