数据分析 单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
3.ATAC-seq和RNA-seq的联合分析 为了进一步研究在RSV感染下DACR介导的转录调控细节,在未感染和RSV感染的水稻种子上分别进行了三个重复的RNA-seq实验。对转录组数据进行了火山图可视化(图3a),共鉴定出5461个差异基因。其中,2632个基因上调,2829个基因下调(图3a:绿点表示下调的DEG分布,红点表示上调的DEG的分布,蓝点...
2 ATAC-seq和RNA-seq的联合分析 根据该物种的GFF注释信息,给1-MCP不同处理中的染色质差异可及性注释了最接近的关联基因。与对照组相比,1-MCP短期处理中有25个基因在染色质可及性和转录组中都显示出差异(图4A)。与对照组相比,1-MCP长期处理有187个基因在染色质可及性和转录组分析中都显示出差异(图4B)。此外...
单细胞水平的研究一直是近年来研究的热点,如单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞核测序等;多组学联用也是现在研究的趋势,为了解决在同一个单细胞水平能够进行多组学的检测,10x genomics在单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的基础上推出了...
本篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq分析了干旱条件下与苹果(GL3)基因表达相关的染色质可及性区域,分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过...