多柔比星是乳腺癌最有效的化疗药物之一,但其常见的耐药性导致患者预后和生存率较差。越来越多的证据表明,染色质动态重组允许基因调控机制快速进入开放的基因组区域,直接通过转录因子(TF)激活和调控元件结合促进随后的基因表达。 在这项研究中,研究小组使用ATAC-seq结合RNA-seq数据分析确定了多柔比星耐药MCF7细胞中染色...
DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- RunTFIDF(pbmc) pbmc <- RunSVD(pbmc) 注释细胞类型 为了注释数据集中的细胞类型,我们可以使用 Seurat 包中的工具,将细胞标签从现有的 PBMC 参考数据集中转移过来。 我们将使用 Hao 等人(2020年)的注释 PBMC 参考...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
涉及主要技术:Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、snATAC-seq、空间转录组 1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
单细胞水平的研究一直是近年来研究的热点,如单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞核测序等;多组学联用也是现在研究的趋势,为了解决在同一个单细胞水平能够进行多组学的检测,10x genomics在单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的基础上推出了...
在研究过程中,作者首先使用ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。接着通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析的方法发现,CpAGL18(MADS)和生长素信号通路(CpWAT、CpSAUR32/50、CpPIN、CpTIR1)以及乙烯信号通路(CpEIL3、CpERF113和CpACS1)的相关基因在木瓜果实成熟过程中可能具有重要作用,整合ATAC-seq和RNA-seq的基因...
我们可以通过DNA可及性数据来评估每个细胞的质量控制指标,并排除那些指标异常的细胞。此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-NucleosomeSignal(pbmc)pbmc<-TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示...
作者开发了同时高通量ATAC和RNA表达测序的方法,命名SHARE-seq,这是一种高度可扩展的方法,用于测量同一单个细胞中的染色质可及性和基因表达,适用于不同组织。使用来自小鼠皮肤的34,774个细胞,开发了一种计算策略来识别顺式-调控相互作用,并定义与超级增...
i. 在激活的Ythdf2F/F和Ythdf2CKO CD8 T细胞中,Stat5a(上)和Rasgrp1(下)基因位点上的ATAC-seq和H3K4me CUT&RUN分析。 j. 热图显示在激活的Ythdf2F/F和Ythdf2CKO CD8 T细胞中,RNA-seq数据中代表性基因(Ythdf2CKO中下调)的相对表达。增强的染色质可及性或潜在的IKZF1/3结合用实心圆表示。