此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示。此外,设置quantiles=TRUE选项,可以帮助我们迅速确定不同质量控制指标的...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
我们可以通过DNA可及性数据来评估每个细胞的质量控制指标,并排除那些指标异常的细胞。此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-NucleosomeSignal(pbmc)pbmc<-TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
该研究将ATAC-seq和RNA-seq数据与泛基因组分析结合,展示了袖蝶属蝴蝶的染色质结构的相似性和发育过程中翅膀和前翅的染色质可及性和基因表达的差异,通过功能实验鉴定和验证了一个新的功能CRE在趋同表型中的调控机制。 研究背景科普 诗神袖蝶(Heliconius melpomene),又名红带袖蝶,属于蛱蝶科袖蝶属的一个物种。世界...
RNA聚类分析中,发现小麦再生过程中存在着时序基因表达,并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关;H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关;基于转录与染色质开放性的高度相关,研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络,该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系;从...
作者整合了ATAC-Seq和RNA-Seq,发现一个与白血病无关的基因DAB1在T-ALLs中过表达、异常剪接和高度可及性。DAB1阴性的患者形成了一个独特的亚群,具有特别不成熟的染色质谱和SPI1(PU.1)的高度可及性结合位点,SPI1是一种对正常T细胞成熟至关重要的TF。总之,我们...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
启动子附近染色质的开放可能通过促进RNA聚合酶II的结合,或通过增强转录激活物或阻遏物的结合来促进基因表达;作者通过ATAC-seq和RNA-seq联合差异分析,鉴定了与表达改变相关的染色质可及性发生干旱诱导变化的基因(图5A)。其中,共有240个基因被鉴定为染色质可及性上调和表达水平上调(图5A),表明这些基因的产物可能在干旱...