该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
seqlevels(annotation) <- paste0('chr', seqlevels(annotation)) # create a Seurat object containing the RNA adata pbmc <- CreateSeuratObject( counts = counts$`Gene Expression`, assay = "RNA" ) # create ATAC assay and add it to the object pbmc[["ATAC"]] <- CreateChromatinAssay( counts...
数据分析 ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing“的缩写,使用高通量测序 (ATAC-seq) 检测转座酶可及染色质是在全基因组水平上揭示染色质可及性的有效方法。通过 ATAC-seq,来自少数细胞的读数反映了与核小体定位和转录因子结合位点相对应的可及性区域,并使用生物信息...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-FindTopFeatures(pbmc,min.cutoff=5)pbmc<-RunTFIDF(pbmc)pbmc<-RunSVD(pbmc) 注释细胞类型 为了注释数据集中的细胞类型,我们可以使用 Seurat 包中的工具,将细胞标签从现有...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
作者通过ATAC-seq和RNA-seq分析了干旱条件下与苹果(GL3)基因表达相关的染色质可及性区域。干旱诱导的染色质可及性改变基因主要在代谢、刺激和结合途径中富集。RNA-seq和ATAC-seq联合分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过程中发挥重要作用。文章整体思路比较简单...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...