通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究。 图3:ATAC和RNA-seq联合分析 4. 联合分析基因的GO和KEGG途径富集分析 ATAC-seq和RNA-seq的DEGs进行GO富集发现水稻条纹病毒感染后,瓜氨酸相关的生物合成过程、细胞壁生物发生、核酸结合、细胞...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
DefaultAssay(pbmc)<-"RNA"pbmc<-SCTransform(pbmc)pbmc<-RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-FindTopFeatures(pbmc,min.cutoff=5)pbmc<-RunTFIDF(pbmc)pbmc<-RunSVD(pbmc...
总之,该研究对两对在地理上重叠且翅膀图案几乎相同的袖蝶属蝴蝶进行ATAC-seq和RNA-seq联合分析,以评估基因表达和调控的守恒。尽管在四个亚种中,许多相同的基因都与翅膀的模式有关,但发现在不同发育阶段以开放染色质为代表的潜在调控区域通常不共享。同时还在单一谱系中发现了一个新的增强子,并通过CRISPR基因编辑实验...
在这篇文章中,作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制,构建了单侧肾切除的小鼠模型,通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制,以期找到提高小麦转化效率的新基因,研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法,构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态,发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。 图1 文章信息 ·研究思路· 研究团队选择最容易转化...
发表期刊:Kidney International 影响因子:19.6 [图片] 实验材料:成人肾皮质、成人肾髓质 涉及主要技术:Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、snATAC-seq、空间转录组 1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行
启动子附近染色质的开放可能通过促进RNA聚合酶II的结合,或通过增强转录激活物或阻遏物的结合来促进基因表达;作者通过ATAC-seq和RNA-seq联合差异分析,鉴定了与表达改变相关的染色质可及性发生干旱诱导变化的基因(图5A)。其中,共有240个基因被鉴定为染色质可及性上调和表达水平上调(图5A),表明这些基因的产物可能在干旱...
该文章的研究对象是核纤层样蛋白OsNMCP1与染色质重塑复合物OsSWI3C,通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析OsNMCP1过表达转基因株系和OsSWI3C干扰转基因株系在干旱和正常条件下染色质的可及性和下游基因的表达情况,从而揭示OsNMCP1和OsSWI3C调控干旱和根生长相关基因中的作用。这篇文章中其他实验都相对完整,但ATAC-seq和...