单细胞RNA-seq分析介绍 数据分析windowshttps网络安全 在整个人体组织中,细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的,为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型,我们需要更高分辨率的技术,而scRNA-seq提供了在单个细胞水平上表达哪些基因的信息,恰好能满足我们的需求。 生信技能树jimmy 2020/05/06 1.4K0 流式分选后指...
通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究。 图3:ATAC和RNA-seq联合分析 4. 联合分析基因的GO和KEGG途径富集分析 ATAC-seq和RNA-seq的DEGs进行GO富集发现水稻条纹病毒感染后,瓜氨酸相关的生物合成过程、细胞壁生物发生、核酸结合、细胞...
通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证,证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。
RT-qPCR、WB、ATAC-seq、RNA-seq、Y2H、Co-IP、BiFC该文章的研究对象是核纤层样蛋白OsNMCP1与染色质重塑复合物OsSWI3C，通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析OsNMCP1过表达转基因株系和OsSWI3C干扰转基因株系在干旱和正常条件
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异,旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域(Differentially accessible regions,DARs)、上游motif和转录因子(TFs)。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起调节...
DefaultAssay(pbmc)<-"RNA"pbmc<-SCTransform(pbmc)pbmc<-RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-FindTopFeatures(pbmc,min.cutoff=5)pbmc<-RunTFIDF(pbmc)pbmc<-RunSVD(pbmc...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...