在本项研究中采用了多种测序技术:首先通过ATAC-seq评估染色质可及性;其次利用H3K27ac ChIP-seq鉴定活性增强子;接着采用RNA-seq检测基因表达差异;并通过CTCF ChIP-seq验证活性增强子的定位,并以TCF7L2 ChIP-seq作为代谢相关转录因子作用位点,揭示了小鼠肝脏中候选调控SNPs(rSNPs)的作用机制。 图1 遗传变异在小鼠肝...
在本项研究中采用了多种测序技术:首先通过ATAC-seq评估染色质可及性;其次利用H3K27ac ChIP-seq鉴定活性增强子;接着采用RNA-seq检测基因表达差异;并通过CTCF ChIP-seq验证活性增强子的定位,并以TCF7L2 ChIP-seq作为代谢相关转录因子作用位点,揭示了小鼠肝脏中候选调控SNPs(rSNPs)的作用机制。 图1 遗传变异在小鼠肝...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
ATAC-seq技术是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域(开放染色质区域)进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。该技术通常和RNA-seq技术联合应用于:开放染色质区域预测、转录因子结合位点及转录调控机制。 ATAC-seq和RNA-seq是发育、疾病、肿瘤、胁迫、药物等研究领域常用的表观多组学技术组合。 01. 案例背景...
#查看RNAseq中'FPKM=0' 'FPKM>1' '0<FPKM<1' 三种情况的基因的染色质可及性-deeptools峰图呈现 前提: 已经对样本进行了call peak ,以及peakanno 已获得'FPKM=0' 'FPKM>1' '0<FPKM<1’三种情况下的基因列表 A.FPKM=0.genelist / 。。。/。。。
作者也对HIV-1基因组的染色质可及性是否受到TRIM28缺失的影响进行了分析,将ATAC-seq数据以HIV-1参考基因组进行分析,转座标签密度所指示的可及区域在HIV-1 LTR上增加,这表明启动子活性显著增强。且敲除TRIM28或SUMO4后HIV-1 LTR上CDK9和Ser2超磷酸化RNAP II显著富集,这与TRIM28或SUMO4缺失重新激活HIV-1表达的...
免疫共沉淀(IP)和质谱分析(MS):鉴定与YTHDF2互作的蛋白质。 RNA测序技术(RNA-seq):分析基因表达变化和转录组分析。 m6A测序技术(m6A-seq):分析m6A甲基化水平变化。 RNA免疫沉淀测序(RIP-seq):分析YTHDF2结合的RNA。 ATAC-seq:分析染色质可及性,即基因组中开放染色质区域的鉴定。
ATAC-seq和RNA-seq多组学整合分析软件是由中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0089832,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq和RNA-seq多组学整合分析软件著作的著作权信息就到天
公示项目名称 华南农业大学5个牛筋草样本ATAC样本ATAC-seq与6个RNA-seq数据采集和分析数据开发 用户单位名称 农学院 联系人/电话 陈*/136***4658 采购计划预算 (4100-B240132)基于OsGS2基因多靶点编辑定向创制抗草铵膦水稻新种质 采购计划单号 SQ24113421 公示日期 2024-12-03 08:00 ~ 2024-12-05 17:30 ...
作者也对HIV-1基因组的染色质可及性是否受到TRIM28缺失的影响进行了分析,将ATAC-seq数据以HIV-1参考基因组进行分析,转座标签密度所指示的可及区域在HIV-1 LTR上增加,这表明启动子活性显著增强。且敲除TRIM28或SUMO4后HIV-1 LTR上CDK9和Ser2超磷酸化RNAP II显著富集,这与TRIM28或SUMO4缺失重新激活HIV-1表达的...