为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- Run...
RT-qPCR、WB、ATAC-seq、RNA-seq、Y2H、Co-IP、BiFC该文章的研究对象是核纤层样蛋白OsNMCP1与染色质重塑复合物OsSWI3C，通过ATAC-seq和RNA-seq联合分析OsNMCP1过表达转基因株系和OsSWI3C干扰转基因株系在干旱和正常条件
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制,以期找到提高小麦转化效率的新基因,研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法,构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态,发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。 图1 文章信息 ·研究思路· 研究团队选择最容易转化...
作者通过ATAC-seq和RNA-seq分析了干旱条件下与苹果(GL3)基因表达相关的染色质可及性区域。干旱诱导的染色质可及性改变基因主要在代谢、刺激和结合途径中富集。RNA-seq和ATAC-seq联合分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过程中发挥重要作用。文章整体思路比较简单...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异,旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域(Differentially accessible regions,DARs)、上游motif和转录因子(TFs)。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起调节...