该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究。 图3:ATAC和RNA-seq联合分析 4. 联合分析基因的GO和KEGG途径富集分析 ATAC-seq和RNA-seq的DEGs进行GO富集发现水稻条纹病毒感染后,瓜氨酸相关的生物合成过程、细胞壁生物发生、核酸结合、细胞...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
转录组学有多种分析方法,单细胞RNA-seq(scRNA-seq)就是一个例子。此外,已经开发了许多技术用于单个细胞中的其他分子测量,以建立细胞功能的更全面视图,包括染色质可及性、蛋白质丰度和甲基化。 特别是,单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)是一种表观基因组分析技术,用于测量染色质可及性,以发现细胞类型特异性调控机制。sc...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
构建了单侧肾切除的小鼠模型,通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证,证明了PPARα是近端小管...
作者整合了ATAC-Seq和RNA-Seq,发现一个与白血病无关的基因DAB1在T-ALLs中过表达、异常剪接和高度可及性。DAB1阴性的患者形成了一个独特的亚群,具有特别不成熟的染色质谱和SPI1(PU.1)的高度可及性结合位点,SPI1是一种对正常T细胞成熟至关重要的TF。总之,我们...
6.ATAC-seq和RNA-seq联合分析一起揭示IRF1可以调节染色质构象致使MDM和单核细胞对不同TLR刺激反应的不同。 核酸-蛋白互作研究服务领跑者 首家Digital(UMI)高通量测序平台 武汉康测科技有限公司 地址:武汉市东湖高新技术开发区高新大道666...
因此,作者使用Signac软件包整合sNucATAC-seq和sc/sNucRNA-seq,在细胞类型特异性背景下表达的基因TSS附近寻找染色质开放区域。该策略鉴定出11858个具有RNAseq和ATAC-seq配对峰的基因,并创建了21个与sc/sNucRNA-seq簇对应的sNucATAC-seq簇(Fig 3c)。 Fig S14...
这篇文章主要是利用染色质可接近信息性来解析恶性疟原虫在红内期基因调控网络的特征 ,选这篇文章的原因是因为其用到了ATAC-seq和RNA-seq联合分析,其中也结合了部分Chip-seq的信息,比较全面。另外,其主要研究物种恶性疟原虫的基因组较小(23Mb左右),适合使用小服务器或者自己的电脑分析。