通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究。 图3:ATAC和RNA-seq联合分析 4. 联合分析基因的GO和KEGG途径富集分析 ATAC-seq和RNA-seq的DEGs进行GO富集发现水稻条纹病毒感染后,瓜氨酸相关的生物合成过程、细胞壁生物发生、核酸结合、细胞...
该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
单细胞ATAC-seq技术介绍 数据分析 单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open ...
DefaultAssay(pbmc)<-"RNA"pbmc<-SCTransform(pbmc)pbmc<-RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-FindTopFeatures(pbmc,min.cutoff=5)pbmc<-RunTFIDF(pbmc)pbmc<-RunSVD(pbmc...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
每个RNA-seq样本平均获得了96.5%的可定位性和5120万个合格片段。平行样品的高相关性,表明RNA-seq是可重复性的。差异表达基因(DEGs)的热图显示,平行样本的表达模式随着Ru1暴露时间的改变而改变。与对照样品相比,4、12、25h处理组的上调/下调基因分别...
设计主要技术:ATAC-seq、Hi-C、RNA-seq 1.由于转基因内Six3启动子和Six2远端增强子之间的异常相互作用,Six2TGC+/tg NPCs表现出异位Six3表达 低肾单位数的Six2TGC转基因小鼠引起了作者对在表达Six2的NPCs中观察到的Six3表达的关注(图1A-B)。尽管作者不能用市面上售卖的抗体通过免疫荧光检测SIX3,但TRAP-seq...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...