在本项研究中采用了多种测序技术:首先通过ATAC-seq评估染色质可及性;其次利用H3K27ac ChIP-seq鉴定活性增强子;接着采用RNA-seq检测基因表达差异;并通过CTCF ChIP-seq验证活性增强子的定位,并以TCF7L2 ChIP-seq作为代谢相关转录因子作用位点,揭示了小鼠肝脏中候选调控SNPs(rSNPs)的作用机制。 图1 遗传变异在小鼠肝...
2018年7月20日,中山大学中山眼科中心眼科学国家重点实验室、中山大学中山医学院广东省脑功能与疾病重点实验室和第三军医大学西南眼科医院与北京百迈客生物科技有限公司合作的RNA-seq & ATAC-seq多组学研究文章发表在Nature Communications上,该研究从体细胞重编程出发,探究成纤维细胞转化为诱导性神经干细胞的分子机制,详...
RNAseq与ATAC-seq的整合-思路1 #查看RNAseq中'FPKM=0' 'FPKM>1' '0<FPKM<1' 三种情况的基因的染色质可及性-deeptools峰图呈现 前提: 已经对样本进行了call peak ,以及peakanno 已获得'FPKM=0' 'FPKM>1' '0<FPKM<1’三种情况下的基因列表 A.FPKM=0.genelist / 。。。/。。。 思路: 1.首先从pea...
本研究通过RIP-seq、RNA-seq、m6A-seq、ATAC-seq等分析揭示了YTHDF2在早期效应T细胞和效应样T细胞中选择性上调和重新分布;YTHDF2缺失加剧了肿瘤进展,并对小鼠和人类的PD-1阻断治疗无反应性;YTHDF2通过m6A依赖性RNA衰变预防线粒体功能障碍;YTHDF2与IKZF1/3互作促进T细胞多功能性;通过联合使用IKZF1/3抑制剂来那...
在本项研究中采用了多种测序技术:首先通过ATAC-seq评估染色质可及性;其次利用H3K27ac ChIP-seq鉴定活性增强子;接着采用RNA-seq检测基因表达差异;并通过CTCF ChIP-seq验证活性增强子的定位,并以TCF7L2 ChIP-seq作为代谢相关转录因子作用位点,揭示了小鼠肝脏中候选调控SNPs(rSNPs)的作用机制。
ATAC-seq技术是使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性染色质区域(开放染色质区域)进行测序分析的一种表观遗传学研究技术。该技术通常和RNA-seq技术联合应用于:开放染色质区域预测、转录因子结合位点及转录调控机制。 ATAC-seq和RNA-seq是发育、疾病、肿瘤、胁迫、药物等研究领域常用的表观多组学技术组合。
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
小诺课堂第48期-ATAC-seq、Hi-C、RNA-seq技术联合解析SIX3在肾元祖细胞更新中的调控机制 奥百诺生物 57 0 小诺课堂第53期—三维染色质分析显示Sp1是宫颈癌中HPV-宿主表观遗传结构编程和重编程的中介 奥百诺生物 95 0 小诺课堂第76期-Hi-C、HiChIP等技术联合解析人类关键遗传性视网膜疾病位点的基因调控机制 ...
ATAC-seq和RNA-seq多组学整合分析软件是由中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0089832,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq和RNA-seq多组学整合分析软件著作的著作权信息就到天
ATAC-seq:分析染色质可及性,即基因组中开放染色质区域的鉴定。 CUT&RUN:分析特定蛋白质在基因组上的结合位点。 Ribo-seq:分析翻译过程中的RNA分子。 电子显微镜技术:观察线粒体的形态变化。 结果图形: (1)YTHDF2在早期效应T细胞(Teff)和类效应T细胞中选择性上调和重新分布。