本文[1]将介绍如何利用Signac和Seurat这两个工具,对一个同时记录了DNA可接触性和基因表达的单细胞数据集进行综合分析。我们将以一个公开的10x Genomics Multiome数据集为例,该数据集针对的是人体的外周血单核细胞。
DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- Run...
ATAC-seq和RNA-seq联合分析可视化展示,1-MCP 2h vs control 中CpAGL18和CpSAUR32的开放染色质和差异基因有所降低,CpACS1和CpAGL18染色质开放和差异基因表达在1-MCP 16h中减少,而CpAGL18在1-MCP 2h和1-MCP 16h中均有差异变化 (Fig. 6)。 Fig. 6 ATAC-seq和RNA-seq.联合分析可视化展示图 7. CpAGL18...
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异，旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域（Differentially accessible regions，DARs）、上游motif和转录因子（TFs）。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
DefaultAssay(pbmc)<-"RNA"pbmc<-SCTransform(pbmc)pbmc<-RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc)<-"ATAC"pbmc<-FindTopFeatures(pbmc,min.cutoff=5)pbmc<-RunTFIDF(pbmc)pbmc<-RunSVD(pbmc...
与常温对照处理(CG,24℃)相比,RNA-seq分析发现梅花响应冷处理(CE,4℃)、冻处理(NF,–4℃)以及冷锻炼后冻处理(CF,先4℃再–4℃)基因整体表达水平存在差异,部分基因同时响应冷、冻以及冷锻炼后冻处理,其中91个差异表达基因参与Ca 2+ 信号转导途径、MAPK级联途径、ABA信号转导通路和ICE-CBF信号通路。ATAC-seq...
利用RNA-seq分析,发现丙酸处理导致细胞周期、细胞分裂和染色质组织相关基因下调;丁酸处理导致细胞粘附的基因上调,而细胞周期和染色质组装相关基因下调。对比发现,两者的调控作用差异较大。 图2 丙酰化和丁酰化差异基因表达的RNA-seq分析结果 04 小鼠细胞/组织中丁酰化标记的差异分析 ...