两种基因型之间与ATAC-seq差异基因相关的Peak分布存在差异,大多数Li2突变体中的Peak分布在启动子区域,而WT中的大多数Peak主要分布在内含子(图2B)。在每种基因型中,THS的分布大多在TSS上游1kb内(图2C),大多数基因只包含一个THS(图2D)。 图2. ATAC-seq的数据分析和差异peak鉴定 3. 鉴定差异靶基因 研究分析Li...
结合RNA-seq数据,总共有1062个临近的DEG同高开放性区域相关,785个同低开放性区域相关(图3E)。结果表明,大多数与高开放性区域相关的DEG显著上调,而与低开放性区域相关的DEG在所有生物学重复中显示出RNA表达水平显著下调(图3F),开放染色质区域内的基因往往具有更高的表达水平。经过进一步分析,基因表达的变化与位于TSS...
结果发现不同品系间存在大量差异活性区域(strain-DARs),而饮食诱导产生的NFR变化则相对较少。同时,结合H3K27ac ChIP-seq数据,分析得到大量H3K27ac标记的共识区域,并识别出品系特异性和饮食相关的DHARs。 综合分析显示,活跃NFR在增强子识别中的关键作用,ATAC信号与H3K27ac信号在DARs上的正相关性揭示了二者之间的紧密...
ATAC-Seq入门加高阶传送门(点击进入交流群) 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 第2篇:原始数据的质控、比对和过滤 第3篇:用MACS2软件call peaks 第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools 第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC ...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
RNA测序技术(RNA-seq):分析基因表达变化和转录组分析。m6A测序技术(m6A-seq):分析m6A甲基化水平变化。RNA免疫沉淀测序(RIP-seq):分析YTHDF2结合的RNA。ATAC-seq:分析染色质可及性,即基因组中开放染色质区域的鉴定。CUT&RUN:分析特定蛋白质在基因组上的结合位点。Ribo-seq:分析翻译过程中的RNA分子。电子显微镜...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
本篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq分析了干旱条件下与苹果(GL3)基因表达相关的染色质可及性区域,分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过...