两种基因型之间与ATAC-seq差异基因相关的Peak分布存在差异,大多数Li2突变体中的Peak分布在启动子区域,而WT中的大多数Peak主要分布在内含子(图2B)。在每种基因型中,THS的分布大多在TSS上游1kb内(图2C),大多数基因只包含一个THS(图2D)。 图2. ATAC-seq的数据分析和差异peak鉴定 3. 鉴定差异靶基因 研究分析Li...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
结果发现不同品系间存在大量差异活性区域(strain-DARs),而饮食诱导产生的NFR变化则相对较少。同时,结合H3K27ac ChIP-seq数据,分析得到大量H3K27ac标记的共识区域,并识别出品系特异性和饮食相关的DHARs。 综合分析显示,活跃NFR在增强子识别中的关键作用,ATAC信号与H3K27ac信号在DARs上的正相关性揭示了二者之间的紧密...
两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学 开机开机卡机打开 32 0 医学科研临床铁死亡lncRNA五分文章套路视频(DCA决策曲线/升级版列线图医学会员免费学 开机开机卡机打开 10 0 医学科研临床NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套路医学会员免费学 开机开机卡机打开 9 0 CNS正刊 ...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
全基因组ATAC-Seq强度图显示,与完整的BRG1细胞相比,BRG1敲除的PTEN-KD细胞中导致了60%以上的OCR减少。与PTEN-KD细胞相比,PTEN/BRG1-KD细胞中有60740个DNA可及性降低的峰(图6C)。(图6D)展示的是少数代表性的染色质可及性测序峰图,其结果表明BRG1缺失导致ETV-1和cav2基因位点的DNA可达性降低。总之,作者的结果...
RNA-seq数据表明,相比于MEF,miNSC10和SCR029细胞中Notch信号相关基因Notch1、Dll1、Hes1和Hey1均显著上调,并且这些位点也显示出差异的ATAC-seq图谱,说明miNSC和NSC中的Notch信号均被激活以促进其更新和维持。与Notch1、Dll1和Hes1基因的上调一致,它们的启动子与MEF相比,在miNSC10和SCR029细胞中被低甲基化。qRT-PCR...
本篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq分析了干旱条件下与苹果(GL3)基因表达相关的染色质可及性区域,分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过...