两种基因型之间与ATAC-seq差异基因相关的Peak分布存在差异,大多数Li2突变体中的Peak分布在启动子区域,而WT中的大多数Peak主要分布在内含子(图2B)。在每种基因型中,THS的分布大多在TSS上游1kb内(图2C),大多数基因只包含一个THS(图2D)。 图2. ATAC-seq的数据分析和差异peak鉴定 3. 鉴定差异靶基因 研究分析Li...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
结合RNA-seq数据,总共有1062个临近的DEG同高开放性区域相关,785个同低开放性区域相关(图3E)。结果表明,大多数与高开放性区域相关的DEG显著上调,而与低开放性区域相关的DEG在所有生物学重复中显示出RNA表达水平显著下调(图3F),开放染色质区域内的基因往往具有更高的表达水平。经过进一步分析,基因表达的变化与位于TSS...
结果发现不同品系间存在大量差异活性区域(strain-DARs),而饮食诱导产生的NFR变化则相对较少。同时,结合H3K27ac ChIP-seq数据,分析得到大量H3K27ac标记的共识区域,并识别出品系特异性和饮食相关的DHARs。 综合分析显示,活跃NFR在增强子识别中的关键作用,ATAC信号与H3K27ac信号在DARs上的正相关性揭示了二者之间的紧密...
ATAC-Seq入门加高阶传送门(点击进入交流群) 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 第2篇:原始数据的质控、比对和过滤 第3篇:用MACS2软件call peaks 第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools 第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC ...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
RNA测序技术(RNA-seq):分析基因表达变化和转录组分析。m6A测序技术(m6A-seq):分析m6A甲基化水平变化。RNA免疫沉淀测序(RIP-seq):分析YTHDF2结合的RNA。ATAC-seq:分析染色质可及性,即基因组中开放染色质区域的鉴定。CUT&RUN:分析特定蛋白质在基因组上的结合位点。Ribo-seq:分析翻译过程中的RNA分子。电子显微镜...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 ...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...