通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证,证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细...
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
这篇文章主要是利用染色质可接近信息性来解析恶性疟原虫在红内期基因调控网络的特征 ,选这篇文章的原因是因为其用到了ATAC-seq和RNA-seq联合分析,其中也结合了部分Chip-seq的信息,比较全面。另外,其主要研究物种恶性疟原虫的基因组较小(23Mb左右),适合使用小服务器或者自己的电脑分析。
(1)ATAC-seq和RNA-seq联合分析——原始数据的获取 前言 以这篇文章 Chromatin Accessibility-Based Characterization of the Gene Regu... 1.8BioinfoFungi014 ATAC-seq指南(一) ATAC-seq Guidelines(1) 写在前面(19.11.14,11.19) 最近需要写一份博士研究计划,感觉最近单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和单细胞ATAC-seq...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
构建了单侧肾切除的小鼠模型,通过三种不同的组学方法(ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学),鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用,肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加,可能是PPARα激活的潜在机制,接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证,证明了PPARα是近端小管...
fragments <- "../vignette_data/snare-seq/fragments.sort.bed.gz" # create a Seurat object and add the assays snare <- CreateSeuratObject(counts = rna) snare[['ATAC']] <- CreateChromatinAssay( counts = atac, sep = c(":", "-"), ...
联合RNA 和 ATAC 分析:SNARE-seq 引言 本文将带您分析一个单细胞联合检测数据集,该数据集能够同时测量细胞内的基因表达水平和DNA的可及性。 这项数据集由Chen、Lake和Zhang在2019年发表,采用了一种名为SNARE-seq的技术。由于该数据集并未公开,我们已将原始数据重新映射至mm10基因组。您可以通过以下链接下载: ...