ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放性图谱 6.6
该研究结合ATAC-seq和RNA-seq数据,探索了染色质开放性和基因表达的系统改变,确定与多柔比星耐药MCF7(MCF7-DR)细胞中差异开放性的区域(DAR)相关的潜在调节因子及其靶标。研究小组展示了多柔比星耐药乳腺癌细胞中染色质开放性和转录水平的非遗传图景,并为检测关键转录因子和潜在的基于顺式调控元件的推定治疗靶标...
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示它们对弓形虫生殖细胞发育过程的影响。 主要研究结果 1. AP2介导裂殖子基因沉默 裂殖子作为启动有性生殖的关键阶段,具有独特的转录特征。在本研究中,我们筛选出一...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样...
涉及主要技术:Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、snATAC-seq、空间转录组 1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
图4 IGV分析展示在低温胁迫下RNA-seq和Ribo-seq的轨迹 3 转录和翻译水平功能比较 根据DEGs变化,将其分为5组:转录水平、翻译水平、转录和翻译相同变化、转录和翻译相反变化、未变化。对五组DEGs分别进行富集分析,统计富集到的通路。如转录和翻译趋势变化相同的DEGs富集在植物-病原相互作用、苯丙类生物合成、植物激素信...
干旱条件下的转录组差异分析表明DEG与DAR显著不同。这可能表明,作为主要反应的染色质可及性的变化可能通过各种调节途径产生不同的影响。RNA-seq和ATAC-seq的联合分析可以筛选对基因表达有显著影响的开放染色质区域。 图4.差异ATAC分析结果 4.联合分析揭示了染色质开放依赖途径和相关基因 ...