两种基因型之间与ATAC-seq差异基因相关的Peak分布存在差异,大多数Li2突变体中的Peak分布在启动子区域,而WT中的大多数Peak主要分布在内含子(图2B)。在每种基因型中,THS的分布大多在TSS上游1kb内(图2C),大多数基因只包含一个THS(图2D)。 图2. ATAC-seq的数据分析和差异peak鉴定 3. 鉴定差异靶基因 研究分析Li...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
5、ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简便，而且只需要很少的细胞/组织量，同时测序信号更加好。6、单细胞测序技术是近几年研究的热点，通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以...
通过RNA-seq分析(样本数5-7只/组),研究发现影响基因表达差异的主要因素是品系而非饮食。在8224个差异表达基因(DEGs)中,有大部分(58.3%)为品系特异性,而只有15.6%与饮食有关。两种饮食比较中,约43.0%的品系特异性DEGs是共有的。Panther GO富集分析揭示品系特异性的DEGs主要富集于免疫相关通路,而饮食特异性的DEGs...
图4 IGV分析展示在低温胁迫下RNA-seq和Ribo-seq的轨迹 3 转录和翻译水平功能比较 根据DEGs变化,将其分为5组:转录水平、翻译水平、转录和翻译相同变化、转录和翻译相反变化、未变化。对五组DEGs分别进行富集分析,统计富集到的通路。如转录和翻译趋势变化相同的DEGs富集在植物-病原相互作用、苯丙类生物合成、植物激素信...
干旱条件下的转录组差异分析表明DEG与DAR显著不同。这可能表明,作为主要反应的染色质可及性的变化可能通过各种调节途径产生不同的影响。RNA-seq和ATAC-seq的联合分析可以筛选对基因表达有显著影响的开放染色质区域。 图4.差异ATAC分析结果 4.联合分析揭示了染色质开放依赖途径和相关基因 ...