接下来作者对ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组的数据进行联合分析(图8.A),GO分析显示了脂肪酸代谢通路的显著变化(图8.B),PPARα内源性配体是饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸或其衍生物,接下来使用气相色谱检测了肾脏中的脂肪酸水平,与对照组相比,UNX组中饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸浓度显著升高(图8.C),另外小鼠肾脏脂质含量...
DefaultAssay(pbmc) <- "RNA" pbmc <- SCTransform(pbmc) pbmc <- RunPCA(pbmc) DNA可及性数据处理 在这里,我们通过执行潜在语义索引 ( LSI ),以处理 scATAC-seq 数据集的相同方式处理 DNA 可及性检测。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- Run...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细...
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
这篇文章主要是利用染色质可接近信息性来解析恶性疟原虫在红内期基因调控网络的特征 ,选这篇文章的原因是因为其用到了ATAC-seq和RNA-seq联合分析,其中也结合了部分Chip-seq的信息,比较全面。另外,其主要研究物种恶性疟原虫的基因组较小(23Mb左右),适合使用小服务器或者自己的电脑分析。
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计,同时分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据的一组分析pipline 。 主要包含以下几个方面: 数据预处理 将原始的测序数据转换为可分析的数据格式。 包括对FASTQ文件的读取、质量控制、去重复和对齐等步骤。 细胞检测和定量 自动检...
本文作者首先利CRISPR-cas9和RNA-seq技术,从PTEN缺陷前列腺癌(PCa)细胞中筛选到了调控染色质重构的BRG1,接着利用一些列CoIP及Western实验验证了PTEN是通过PTEN/AKT/GSK3β/FBXW7轴来调控BRG1的泛素化降解,以此来调控BRG1的稳定性。然后,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq联合分析BRG1调控的下游靶基因,并进一步证明了...
ATAC-seq和RNA-seq联合分析软件是由重庆奥百诺生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0238201,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq和RNA-seq联合分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
最新收录 热门 (1)ATAC-seq和RNA-seq联合分析——原始数据的获取 前言 以这篇文章 Chromatin Accessibility-Based Characterization of the Gene Regu... 1.8BioinfoFungi014 ATAC-seq指南(一) ATAC-seq Guidelines(1) 写在前面(19.11.14,11.19) 最近需要写一份博士研究计划,感觉最近单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和...