DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- FindTopFeatures(pbmc, min.cutoff = 5) pbmc <- RunTFIDF(pbmc) pbmc <- RunSVD(pbmc) 注释细胞类型 为了注释数据集中的细胞类型,我们可以使用 Seurat 包中的工具,将细胞标签从现有的 PBMC 参考数据集中转移过来。 我们将使用 Hao 等人(2020年)的注释 PBMC 参考...
研究分析在ATAC-seq感染RSV的水稻中总共鉴定了6462个开放和3587个封闭的差异可及染色质区(DACR)。此外,通过整合ATAC-seq和RNA-seq,鉴定了349个开放式DACR中的上调基因和126个封闭式DACR的下调基因,其中34个转录因子(TF)通过上游基序的搜索得到进一步鉴定,8个转录因子的转录水平通过RT-PCR得到验证。还发现这些TF中的...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...
作者开发了同时高通量ATAC和RNA表达测序的方法,命名SHARE-seq,这是一种高度可扩展的方法,用于测量同一单个细胞中的染色质可及性和基因表达,适用于不同组织。使用来自小鼠皮肤的34,774个细胞,开发了一种计算策略来识别顺式-调控相互作用,并定义与超级增...
直接通过转录组的结果并不能得到TF上游开放染色质的信息,也就是说,要构建一个完整的调控网络,RNA-seq和ATAC-seq往往是需要结合分析的。虽然已经有很多算法可以实现多组学数据整合,但很难评估这些算法的表现到底如何,难以完全保留真实生物学信息。这里作者开发了一类新的高通量技术:SNARE-seq,全称droplet-basedsingle-nu...
进一步利用染色质开放性测序(ATAC-seq)和转录组测序(RNA-seq)技术挖掘出梅花冷锻炼调控耐寒性相关基因。与常温对照处理(CG,24℃)相比,RNA-seq分析发现梅花响应冷处理(CE,4℃)、冻处理(NF,–4℃)以及冷锻炼后冻处理(CF,先4℃再–4℃)基因整体表达水平存在差异,部分基因同时响应冷、冻以及冷锻炼后冻处理,其中...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),而没有明显的内髓质表现。3例患者(年龄57岁、67岁和73岁)肾功能均...