接下来作者对ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组的数据进行联合分析(图8.A),GO分析显示了脂肪酸代谢通路的显著变化(图8.B),PPARα内源性配体是饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸或其衍生物,接下来使用气相色谱检测了肾脏中的脂肪酸水平,与对照组相比,UNX组中饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸浓度显著升高(图8.C),另外小鼠肾脏脂质含量...
通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究。 图3:ATAC和RNA-seq联合分析 4. 联合分析基因的GO和KEGG途径富集分析 ATAC-seq和RNA-seq的DEGs进行GO富集发现水稻条纹病毒感染后,瓜氨酸相关的生物合成过程、细胞壁生物发生、核酸结合、细胞...
本文[1]将介绍如何利用Signac和Seurat这两个工具,对一个同时记录了DNA可接触性和基因表达的单细胞数据集进行综合分析。我们将以一个公开的10x Genomics Multiome数据集为例,该数据集针对的是人体的外周血单核细胞。
ATAC-seq与RNA-seq联合分析,可以获得生物体的转录调控机制。通过ATAC-seq获得细胞在某一特定时空侠染色质展开区域的信息,可用于检测在该条件下发生转录的基因及顺式作用元件。通过RNA-seq技术可获得细胞在该特定时空下所有转录本信息。将两者数据相整合,则可以推断相关基因上游的顺式调控序列,宏观分析细胞在特定时空下...
文章总结:在本研究中,作者生成并分析了来自成人肾皮质和髓质的基因表达(RNA-seq)、染色质可及性(ATAC-seq)、染色质构象(Hi-C)和空间转录组数据。作者使用精心注释的样本来重新分配在公共GTEx项目中错误标记的样本,并提取有意义的髓质基因表达特征。通过对基因表达、染色质可及性和构象谱的综合分析,我们发现了髓质...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异，旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域（Differentially accessible regions，DARs）、上游motif和转录因子（TFs）。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起...
每个RNA-seq样本平均获得了96.5%的可定位性和5120万个合格片段。平行样品的高相关性,表明RNA-seq是可重复性的。差异表达基因(DEGs)的热图显示,平行样本的表达模式随着Ru1暴露时间的改变而改变。与对照样品相比,4、12、25h处理组的上调/下调基因分别...
在chr1上绘制了转基因整合位点后,作者分析了ATAC-seq和RNA-seq数据,以寻找整合位点附近基因转录水平的变化,正如作者在Cited1+/CGE中对chr14所做的那样。在以转基因整合位点为中心的3 MB区域内未检测到差异转录物、ATAC峰或新的/破坏的Hi-C环。在30 MB区域内没有检测到长程相互作用的变化,表明转基因整合没有...
为了更深入地理解小麦等双子叶植物的再生过程以及其分子机制，以期找到提高小麦转化效率的新基因，研究团队使用RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等多组学联合分析的方法，构建出小麦再生过程中的转录调控网络和表观遗传动态，发现了两个能显著提高小麦遗传转化效率的新基因。图1 文章信息·研究思路·研究团队选择最容易转化的...