因此,如果你正在寻找所有的ATAC-seqESCA峰,至少在两个样本中应该使用特定的癌症集合。 5 Using ATAC-seq counts to compare two groups 用atac-seq计数比较两组。 通过下一节,我们将加载归一化计数数据,并比较两组样本,以确定在给定组中哪个峰值比另一组更强。 本节使用的主要两个文件是: 归一化ATAC-seq插入...
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 1)翻译特征总结。RFs长度在32nt左右,主要在CD...
七、片段长度分布图 samtools view out.bam | \ awk -F'\t' 'function abs(x){return ((x < 0.0) ? -x : x)} {print $1"\t"abs($9)}' | \ sort | uniq | cut -f2 > fragment..txt (#接下来在R中进行) library(tidyverse) getwd() data <- read.table("D:/R/ATAC-seq/fragment....
ATAC-seq 全称是 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing 可以理解为借助转座酶对开放染色质区域进行高通量测序。参见下面示意图,它的主要原理是 Tn5 转座酶可以对染色质开放区域DNA切割并添加测序接头,然后进行高通量测序就取得了开放染色质区域的测序数据。与其他技术比较(DNase-Seq,...
之前我在分析Chip-seq数据时一直用的Bowtie2,后面换了物种Bowtie2的index在建立时一直报错,可能原因是我用自己的笔记本跑数据,内存不够用,加之我的reads长度只有三四十,所以转用BWA来进行mapping分析! 代码语言:javascript 复制 #一些推文表示Bwa-MEM和bowtie2的比对结果差不多 ...
一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验 7.模型的估计 一、面板数据基本概念 面板数据,即Panel Data,也叫“平行数据”,是指在时间序列上取多个截面,在这些截面上同时选取样本观测值所构成的样本数据。或者说他是...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...
ATAC-seq建库原理如下图所示: 前期准备: #conda create -n atac python=2 创建环境 #conda activate atac 激活环境 #conda install bedtools deeptools macs2 bowtie bowtie2 samtools 分析流程: 1. 质控 采用FASTQC查看测序数据质量 #fastqc -o FASTQC/ -t 8 Control_R1.fastq.gz Control_R2.fastq.gz ...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...
https://github.com/ENCODE-DCC/atac-seq-pipeline 提供了从原始的fastq数据开到,到peak caling结束的基础分析功能,尽管缺少了下游的差异分析和motfi分析,这套流程依然值得推荐。 该流程同时支持有生物学重复和无生物学重复两种情况,对于有生物学重复的数据,分析的流程图如下 ...