(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
ATAC-seq与转录组关联分析及结果可视化R包软件是由广州奥科生物医学科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1081960,属于分类,想要查询更多关于ATAC-seq与转录组关联分析及结果可视化R包软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
比对时允许的最大插入片段长度是多少?软件bowtie2默认允许的插入片段长度是500(-X),对于ATAC数据,该参数应设置成更大的长度,如-X 2000。另外,是否在过滤BAM文件时过滤掉了有用的比对?【易基因】 2020-06-22 回复喜欢登录知乎,您可以享受以下权益: 更懂你的优质内容 更专业的大咖答主 更深度的互动交流...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1361个喜欢,来抖