ATAC-seq分析:比对后处理(4) 1. 结果处理 现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据,我们可以开始处理比对。 首先,我们将确定 ATACseq 数据的预期片段长度分布。我们使用 GenomicAlignments 包读取新对齐的数据。 这里我们只想要正确配对的读取,因此我们将使用 ScanBamParam() 和 scanBamFlag() 函数来控制将读...
答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
首先对恒河猴大脑52个区域的416个样本进行了RNA测序(RNA-seq),揭示不同大脑区域之间的转录组差异,并比较恒河猴大脑与人类大脑在不同大脑区域的转录组学特征。此外利用ATAC-seq技术分析了恒河猴大脑的不同大脑皮层区域和海马CA1(cornu Ammonis 1)的开放染色质区域,揭示了特定区域的染色质可及性模式。 题目:Transcrip...
ATAC-seq，即通过测序来检测转座酶可及染色质，是一种新颖的全基因组染色质开放区域研究技术。相较于传统方法，ATAC-seq在操作简便、无需交联、信噪比高、对样品量要求低等方面具有显著优势。众多实验室开始将ATAC-seq与RNA-seq及表观遗传学数据结合，以实现更准确的基因差异表达与调控关系分析。ATAC-seq...
(一)利用IGV同时查看Chip-seq和ATAC-seq的结果 拿到所有CHIP-seq和ATAC-seq的bw文件,可以在IGV里将这些文件一起导入,然后搜索基因cdc25b,查看基因附近的峰的情况: 文献原图 我做的图 上面两个文件是Chip-seq的峰图(红色,粉色),下面5个是ATAC-seq的峰。可以看出smad2/3在两个基因之间有一个结合的峰(红色),...
图1. 猕猴桃不同组织ATAC-seq分析结果 图2. 保守顺式元件鉴定04意义和创新性 本研究系统鉴定了猕猴桃m6A甲基化相关基因,并通过多组学分析,深入探讨了不同胁迫下,猕猴桃果实发育和成熟时期这些基因的表达模式,挖掘出保守的顺式调控元件,为...
之前我在分析Chip-seq数据时一直用的Bowtie2,后面换了物种Bowtie2的index在建立时一直报错,可能原因是我用自己的笔记本跑数据,内存不够用,加之我的reads长度只有三四十,所以转用BWA来进行mapping分析! 代码语言:javascript 复制 #一些推文表示Bwa-MEM和bowtie2的比对结果差不多 ...
Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。
在进行ATAC-seq实验时，Tn5分子结合到DNA上，两个分子之间相隔9bp，每个Tn5同源二聚体结合事件会产生两个插入，中间相隔9bp，真实“开放”位置的中心位于Tn5二聚体的正中间。为还原实际情况，会对Tn5的插入结果进行校正，即正链往右移动4bp，负链往左偏移5bp。在ArchR中，“fragment”和“insertions”指...