我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置,因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库(例如 JASPAR)的有关 Motif 的信息。在这里,我们使用带有我们感兴趣的主题 (CTCF) 的 query() 函数来提取 CTCF 主题。 library(MotifDb)library(Biostrings)library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)C...
比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq+scRNA-seq,用来检测每个细胞的染色体开放情况。 好了,讲了这么多,相信文章开头提的问题你已经有了很好...
通过Atac-seq技术,可以对基因组的DNA序列进行高效测序和分析,从而揭示出基因组中的转录因子结合位点以及启动子和增强子的位置,对于理解基因调控网络、基因表达调控等方面具有重要的意义。Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研...
R包,比如motifmatchr包 也可以做。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifmatchr.html 3 多组学整合分析 RNS-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq 以及一些整合的R包:esATAC ATAC-Seq的实战流程学习至此结束。 但个性化的分析还有很多要钻研的地方,尤其是官方文档。 新年快乐!我们下一个篇章再见! 扫码...
图1 CH-ATAC-seq实验原理流程以及比较分析 基于CH-ATAC-seq测序平台,本研究构建了成年斑马鱼、果蝇、蚯蚓的全身染色质可及性景观,总共得到~550000高质量细胞核。为了验证细胞类型注释的准确性,利用相同物种的scRNA-seq数据进行标签转移。另外,分别对每个物种的差异peak富集,利用HOMER工具进行了motif的从头富集。结果显示...
Motif分析 全基因组甲基化测序(WGBS) DNA甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(即通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达),它在基因表达调控、肿瘤研究、染色质重塑、遗传印记、疾病研究、胚胎发育、环境与表观遗传和表观异质性等方面起至关重要的作用,是表观遗传学研究的热点...
图4.差异ATAC分析结果 4.联合分析揭示了染色质开放依赖途径和相关基因 启动子附近染色质的开放可能通过促进RNA聚合酶II的结合,或通过增强转录激活物或阻遏物的结合来促进基因表达;作者通过ATAC-seq和RNA-seq联合差异分析,鉴定了与表达改变相关的染色质可及性发生干旱诱导变化的基因(图5A)。其中,共有240个基因被鉴定...
图1 RNA-seq和ATAC-seq数据分析 2、HNP和CH22细胞的染色质差异可接近性区域分析(DAR) 与HNP相比,在CH22中确定了313个增加的DAR 和 1,749 个减少的DAR。DAR的motif分析显示CTCF、Nkx2-2、Tcfe2a_2、MED-1 和 E2Amotif在CH22中高度富集。还确定了DAR中的DEG,如GDA、TBXT和PAX1(图1D)。GO分析显示DAR中...
对于CTCF而言,chip_seq的峰为其结合区域,最中心的位置为对应的motif。同样的位置,在ATAC和DNase文库中,motif处没有reads,而两侧呈现富集,通过这样的趋势,也可以定位motif位置。对于某种转录因子,通过分析其motif两侧序列的分布,可以分析出文库中是否检测到了该转录因子的结合,从而识别细胞中正在发挥调控作用的转录因子。
ATAC-seq产品可以获得全基因范围内处于开放状态的染色质区域;通过分析染色质开放区域的motif,可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。Hi-C互作产品可以将基因组上原本分散的远距离调控元件与其调控区域联系起来,有助于解析基因的转录调控、增强子与启动...