比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq+scRNA-seq,用来检测每个细胞的染色体开放情况。...
通过Atac-seq技术,可以对基因组的DNA序列进行高效测序和分析,从而揭示出基因组中的转录因子结合位点以及启动子和增强子的位置,对于理解基因调控网络、基因表达调控等方面具有重要的意义。Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研...
R包,比如motifmatchr包 也可以做。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifmatchr.html 3 多组学整合分析 RNS-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq 以及一些整合的R包:esATAC ATAC-Seq的实战流程学习至此结束。 但个性化的分析还有很多要钻研的地方,尤其是官方文档。 新年快乐!我们下一个篇章再见!
因此,在scATAC-seq数据分析中,blacklist_ratio可以用来评估每个单细胞ATAC-seq数据的质量,如果一个细胞的blacklist_ratio很高,说明这个细胞的ATAC-seq信号被大量地过滤掉,可能需要进一步的筛选或者数据处理来获得更好的结果。 # nucleosome_signal:(核小体信号)是指某个基因组区域在ATAC-seq实验中被核小体所保护的程...
1、研究发现:通过ATAC-seq确定了126,483个开放染色质区域,其中241个区域在刺激后显示出显著的可及性差异,这些差异可及区域主要对应于基因组中被标记为增强子的区域。2、转录因子分析:Motif分析发现在变得更加可及的区域中显著富集了RelA结合基序,ChIP-seq数据分析证实了RelA与这些区域的结合。3、功能验证:作者还观察...
图4.差异ATAC分析结果 4.联合分析揭示了染色质开放依赖途径和相关基因 启动子附近染色质的开放可能通过促进RNA聚合酶II的结合,或通过增强转录激活物或阻遏物的结合来促进基因表达;作者通过ATAC-seq和RNA-seq联合差异分析,鉴定了与表达改变相关的染色质可及性发生干旱诱导变化的基因(图5A)。其中,共有240个基因被鉴定...
以CTCF为例，chip-seq的峰就是CTCF的结合区域，中部位置为CTCF的motif，但是我们发现在motif区域，ATAC和...
近几年,用ATAC-seq来检测转录因子足迹的软件逐渐完善,2020年发在NC上的这款软件——TOBIAS,可以利用ATAC-seq的比对数据bam文件以及基因组的注释信息去计算全基因组哪些位置有这种转录因子足迹。 图中深蓝色标记的这一段就是会被识别的转录因子足迹。如果我们输入了转录因子的motif矩阵,该软件会帮我们预测出这个位置出...
miNSC10 iNSC和SCR029 NSC的ATAC-seq结果表明,peak关联基因富集在神经发生、神经元发育、大脑发育、胶质细胞发育(图8a, b),与NSC特征一致。在peak峰值中心300 bp窗口中鉴定新motif,说明miNSC10和SCR029细胞都富集了类似的属于多个TF家族的TF结合motif,TF家族包括Sox、bHLH (Ebox)、Pou3f、homeobox、Nfi和Rfx(图8...
图1 RNA-seq和ATAC-seq数据分析 2、HNP和CH22细胞的染色质差异可接近性区域分析(DAR) 与HNP相比,在CH22中确定了313个增加的DAR 和 1,749 个减少的DAR。DAR的motif分析显示CTCF、Nkx2-2、Tcfe2a_2、MED-1 和 E2Amotif在CH22中高度富集。还确定了DAR中的DEG,如GDA、TBXT和PAX1(图1D)。GO分析显示DAR中...