如上图为SCENIC的经典分析结果,左图热图代表的是在不同细胞类群(横坐标)的富集Motif的AUC scores值,从其聚类结果可以推测这些不同的细胞类群发生了转录重编程。右图为JUNB表达水平的tSNE图(上)和AUC得分的tSNE图(下),总体来看表达水平与转录活性呈现一定的相关性,但是在有些细胞上则两者呈现相反的趋势,因此SCENIC有...
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 常见的染色质开放区主要...
homer分析motif的原理及结果参见:http://homer.ucsd.edu/homer/motif/index.html 根据motif与已知转录因子的富集情况可以绘制气泡图,从而可以看到样本与已知转录因子的富集显著性。 六、差异分析 差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam...
为了研究特定的转录因子通路是否与UNx样本中染色质可及性的增加有关,作者对UNx中染色质可及性显著增加的peak进行了motif富集分析,显著富集的是肝细胞核因子-4(HNF4α)和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARα)对应的结合位点基序,它们是两种脂质调节的转录因子(图2.B、C)。对PPARα进行转录因子足迹分析,显示UNx样本...
Motif富集分析过程如下:首先获得每个Peak区域里motif的位置和频率,然后与随机背景或另一种条件的背景进行比较,最后得到motif富集的结果。HOMER、MEME-AME、MEME-CentriMo和DAStk分别采用不同的统计检验的方法来比较Peak和背景区域的motif出现的频率差异。 文章推荐Motif富集...
Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。
1. Motif扫描:利用已知的转录因子结合位点序列进行模式匹配,鉴定Atac-seq测序数据中的潜在转录因子结合位点。 2. Motif富集分析:将Atac-seq测序数据中的开放染色质区域与转录因子结合位点进行比对分析,鉴定在开放染色质区域中富集的转录因子结合位点序列。 四、Atac-seq motif注释的挑战 1. 数据质量:Atac-seq数据的质...
在本教程中,我们将学习使用Signac包进行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用两种互补的方法进行motif分析:一种是通过在一组差异可及性peaks中找到overrepresented的基序motifs,另一种是在不同细胞组之间执行差异基序活性(motif activity)分析的方法。 安装并加载所需的R包 if (!requireNamespace("BiocManager", qui...
Motif分析 全基因组甲基化测序(WGBS) DNA甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(即通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达),它在基因表达调控、肿瘤研究、染色质重塑、遗传印记、疾病研究、胚胎发育、环境与表观遗传和表观异质性等方面起至关重要的作用,是表观遗传学研究的热点...
根据原理可以知道,ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游,得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析,识别哪种转录因子参与了基因表达调控,通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。 6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 ...