利用Motif分析解析开放区域具有的保守性的DNA结合位点,并可预测潜在调控peak相关基因的转录因子。 fig2 Motif与已知转录因子Motif的富集图 ATAC-seq数据得到大量潜在的转录因子(TF),利用Footprint分析,可以找到转录因子结合区域特征以及在全基因组的结合状态,以揭示转录因子调控的分子机制,同时可以缩小目标转录因子范围。 f...
1、研究发现:通过ATAC-seq确定了126,483个开放染色质区域,其中241个区域在刺激后显示出显著的可及性差异,这些差异可及区域主要对应于基因组中被标记为增强子的区域。 2、转录因子分析:Motif分析发现在变得更加可及的区域中显著富集了RelA结合基序,ChIP-seq数据分析证实了RelA与这些区域的结合。 3、功能验证:作者还观...
R包,比如motifmatchr包 也可以做。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifmatchr.html 3 多组学整合分析 RNS-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq 以及一些整合的R包:esATAC ATAC-Seq的实战流程学习至此结束。 但个性化的分析还有很多要钻研的地方,尤其是官方文档。 新年快乐!我们下一个篇章再见! 扫码...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应...
Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研究提供重要的信息。 三、Atac-seq motif注释的方法 1. Motif扫描:利用已知的转录因子结合位点序列进行模式匹配,鉴定Atac-seq测序数据中的潜在转录因子结合位点。 2. Motif富集分析:将...
差异Peak基因富集分析 ATAC-seq 利用高通量测序检测转座酶易接近染色质的技术。在ATAC-seq技术中,DNA探针(作为转座子发挥作用)通过酶促反应(转座酶Tn5)被整合到基因组的开放区域,然后通过测序来鉴定这些区域。其本质也是研究DNA与蛋白质结合的技术。一般用于肿瘤异质性研究、基因调控网络分析、细胞谱系示踪、生物标记物...
作者通过ATAC-seq和RNA-seq分析了干旱条件下与苹果(GL3)基因表达相关的染色质可及性区域。干旱诱导的染色质可及性改变基因主要在代谢、刺激和结合途径中富集。RNA-seq和ATAC-seq联合分析鉴定了240个在干旱条件下染色质可及性较高且基因表达增加的基因,这些基因可能在干旱响应过程中发挥重要作用。文章整体思路比较简单...
ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 一 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近的基因或者调控元件...
根据原理可以知道,ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游,得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析,识别哪种转录因子参与了基因表达调控,通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。 6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 ...