注:以上参数参考文献(Jie Wang,et.al.2018.“ATAC-Seq analysis reveals a widespread decrease of chromatin accessibility in age-related macular degeneration.”Nature Communications) 五、motif分析 ATAC分析得到的peak是染色质上的开放区域,这些染色质开放区域常常预示着转录因子的结合,因此对peak区域进行motif分析很...
质控后还有一个步骤是进行reads shifting,前面说过Tn5酶切过程中会在上下游产生一个缺口,因此需要将正链正向移动4bp,负链负向移动5bp。 这一步在ACAT-seq的原文中有做,不做的话对单碱基分辨率要求比较高的分析是有影响的(比如转录因子足迹分析,下面的Motif Analysis会说)。 Peak Calling peak calling是后续所有分...
利用Motif分析解析开放区域具有的保守性的DNA结合位点，并可预测潜在调控peak相关基因的转录因子。fig2 Mot...
6.2 鉴定重要转录因子 根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 ...
根据原理可以知道,ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游,得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析,识别哪种转录因子参与了基因表达调控,通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。 6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 ...
ATAC-seq+RNA-seq:一般来说,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,但是差异基因富集出来的基因通路只是一种相关性。想要分析出其中是谁调控了目的基因,就可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找潜在的调控因子,然后再进行后续的实验验证或者chip-seq的验证。 +HiC:对于一些想了解染色质高级结构对生命行为的作用的时候,通常会需...
在本教程中,我们将学习使用Signac包进行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用两种互补的方法进行motif分析:一种是通过在一组差异可及性peaks中找到...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
近年来,ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器,在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控,包括信号通路、细胞发育、疾病发生等,同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。 表1 ATAC-seq发表的部分高分文章 ...
ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 一 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近的基因或者调控元件...