根据motif与已知转录因子的富集情况可以绘制气泡图,从而可以看到样本与已知转录因子的富集显著性。 六、差异分析 差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型...
通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。 派森诺生物深耕表观调控领域多年,使用HOMER软件对Motif进行分析,此方法不仅帮助识别已知的调控元件,...
ATAC-seq的主要功能是揭示转录调控的各个方面,其第三步分析要在4种水平对结果进行分析和解释:1. Peak注释和差异Peak分析;2. Motif分析;3. 核小体占位分析;4. 转录因子足迹分析。 一 Peak注释和差异Peak分析 一般情况下,软件会关联Peak与其最近的基因或者调控元件...
根据原理可以知道，ATAC所捕获染色质开放区一般是正在转录的那部分DNA序列的上下游，得到这些序列我们就可以对富集到的序列结合motif分析，识别哪种转录因子参与了基因表达调控，通过ATAC-seq寻找出来的转录因子一般是全基因组内发挥关键作用的调控因子。6.3 识别启动子区域、潜在的增强子或沉默子 常见的染色质开放区主要...
图3. 整合ATAC-seq和RNA-seq数据的结果 4. Motif富集分析和棉花纤维转录调控网络鉴定 在染色质的Peak区域,可能存在调节附近基因表达的TF结合位点(图4A)。研究确定了两个材料在peak中过度代表的序列motif,以识别参与纤维伸长的TFs。为此,通过MEME-ChIP分析了peak区域内的重复掩模序列。Li2突变体的peak包含87个过表示...
利用Motif分析解析开放区域具有的保守性的DNA结合位点,并可预测潜在调控peak相关基因的转录因子。 fig2 Motif与已知转录因子Motif的富集图 ATAC-seq数据得到大量潜在的转录因子(TF),利用Footprint分析,可以找到转录因子结合区域特征以及在全基因组的结合状态,以揭示转录因子调控的分子机制,同时可以缩小目标转录因子范围。
在本教程中,我们将学习使用Signac包进行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用两种互补的方法进行motif分析:一种是通过在一组差异可及性peaks中找到overrepresented的基序motifs,另一种是在不同细胞组之间执行差异基序活性(motif activity)分析的方法。 安装并加载所需的R包 ...
Motif 分析 Motif分析旨在识别开放染色质区域中的调控元件和转录因子结合位点。通过分析ATAC-seq数据,研究者可以识别出富集的短序列模式(motifs),并推测可能的转录因子及其对基因表达的影响。这种分析在基础生物学研究和疾病机制探索中具有重要意义,能够帮助我们理解基因调控网络的动态变化和生物学功能。
图6 Motif分析结果 注:横坐标为样本名称,纵坐标为转录因子名称。点越大表示富集程度越高 以上便是本期的所有内容啦,主要给各位介绍了ATAC-seq的技术原理和实验流程,并给大家展示了一些百迈客的实验结果。希望以上内容对老师同学们有所帮助。 参考文献:[1]Annunziato , A.DNA Pack...
Motif注释则是Atac-seq数据分析中的一个重要环节,用于鉴定DNA序列中的转录因子结合位点以及其结合的结构特征和序列模式,为后续的功能研究提供重要的信息。 三、Atac-seq motif注释的方法 1. Motif扫描:利用已知的转录因子结合位点序列进行模式匹配,鉴定Atac-seq测序数据中的潜在转录因子结合位点。 2. Motif富集分析:将...